Церковь приписана к храму иконы Божией Матери «Знамение» в Переяславской слободе. Построена в конце XV века (первое письменное упоминание — 1492) в дворцовом селе Великого князя Ивана III — Напрудном (находилось на берегу одноименного притока реки Неглинной, ныне заключена в трубу). Достраивалась и перестраивалась в 1825—61. В 1890— 95 на месте прежних пристроек возведен новый большой храм с двумя приделами и высокой колокольней (архитектор П. П. Зыков), в который как алтарь вошел старый храм. Главный престол — мученика Трифона, приделы — праведного Филарета Милостивого (освящен первоначально 1861, 1898) и святителя Николая Чудотворца (первое письменное упоминание1792; освящена 1896).

Центрический, квадратный в плане из белого камня (барабан купола и своды — кирпичные), бесстолпный храм. Полуциркульный алтарный выступ, расчленен лопатками на 3 части.

Перекрыт крестчатым сводом. Завершен шлемовидной главой с 8 килевидными кокошниками в основании барабана.

Над юго-западном углом храма двухстолпная одно-пролетная звонница. На севе-восточной стороне алтарной части была фреска с изображением юного мученика Трифона на белом коне, с белым соколом в руке (конец XVI — начало XVII века; находится в Государственной Третьяковской галерее). Согласно преданию, князь Патрикеев, упустивший любимого сокола Ивана Грозного, нашел его по указанию мученика Трифона и в благодарность воздвиг на этом месте храм.

В 1931 закрыт, все позднейшие пристройки сломаны. Реставрировался в 1924—25, 1947-48, 1952-57.

Восстановлен первоначальный облик старой части храма. В 1992 возобновлены богослужения (приделы не существуют).

Святыня: особо чтимая икона мученика Трифона с частицей его мощей (дар черногорского митрополита Петра Негоша, вделана в икону в 1819).