Первая церковь построена в Зее в 1890-х годах. Освящена в честь святителя Николая Мирликийского, находилась на западной стороне городского парка.

В 1928 году во время наводнения была смыта водой в реку Зею.

В 1992 году зарегистрирован православный приход. Началось строительство храма, и через два года, 15 декабря 1996 года, он был освящен - также в честь святителя Николая Мирликийского.