Первый в Забайкалье Свято-Троицкий Селенгинский монастырь по архивным сведениям возник не позже 1675 года. Его именуют Свято-Троицким Селенгинским Старым. На его месте была основана в 1681 году по указу царя Федора Алексеевича Романова членами Даурской духовной миссии ныне существующая Свято-Троицкая Селенгинская обитель. В состав духовной миссии входили игумен Феодосий, его помощник – иеромонах Макарий и с ними 10 монахов.

Главной задачей вновь образованного монастыря была проповедь христианства среди местных народов, а также духовное окормление переселенцев из России. Первое время он был деревянным, имел крепкие защитные стены и представлял собою мощное острожное укрепление. Позже деревянные постройки были заменены каменными. В 1684 году был возведен монастырский храм в честь Живоначальной Троицы. В дальнейшем, по мере развития обители, в ней были воздвигнуты храмы святаго Архистратига Михаила, Всех Святых, святителя Николая Чудотворца.

Административное, культурное и духовно-нравственное значение обители с самого времени её создания для развития края было во многом определяющим. Являясь форпостом России за Байкалом, расположенный на перекрестке всех дорог, идущих с Востока на Запад, и с Севера на Юг, монастырь быстро процветал и был крупнейшей обителью того времени к востоку от Байкала. Его посещали многие выдающиеся религиозные, политические и государственные деятели. Например: прадед А.С.Пушкина – А.П. Ганнибал, крестник Петра-I; будущий император России цесаревич Николай II Александрович; в обители принял монашеский постриг преподобный Варлаам Чикойский, Забайкальский чудотворец. В Троицком монастыре долгое время проживал величайший духовный светильник Сибири епископ Иннокентий Иркутский (Кульчицкий), ожидавший отправления в Китай и имевший здесь своим духовником архимандрита Мисаила, одного из членов Даурской духовной миссии. На территории обители сохранился источник, освященный, по преданию, святителем Иннокентием.

В 1920 году монастырь был закрыт. В советское время здесь располагалась вначале колония для преступников, а затем в течении 70-ти лет психиатрическая больница.
С 2005 года совместно с больницей на территории обители начали проживать в отдельном помещении монахи и послушники. 4 декабря 2006 года отсюда были переведены в специально подготовленное учреждение последние больные.
26 декабря 2006 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о возрождении Свято-Троицкого Селенгинского монастыря. В настоящее время братия обители состоит из четырёх монахов (два иеромонаха, два иеродиакона) и пятерых послушников. Здесь постоянно проживают по уставу монастыря от 15 до 20 трудников. Налаживается монастырская жизнь. Совершаются полный круг суточного богослужения, церковные Таинства, Крестные ходы. Звонят новоприобретенные колокола, происходит реставрация храмов, зданий обители. Развивается хозяйственная деятельность: есть скотный двор, приусадебное хозяйство, технический парк. Монастырь становится излюбленным местом посещения всё большего и большего числа паломников и гостей, для них построена удобная гостиница.

Три раза в год (7 июня, 7 июля, 11 сентября) организуется многочисленный Крестный ход от обители до села Ильинка (12 км) на Иоаннову гору к месту чудотворного явления иконы Иоанна Предтечи. Численность участников июльского Крестного хода в 2009 году составила около 800 человек. Кроме того, братия монастыря духовно окормляют православные общины сел Татаурово, Ильинка, Таловка и других.