Основан в XI в. кн. Святославом Ярославичем, построившим в 1060 г. храм на месте явления на ели иконы Божией Матери, названной Елецкой. В благоустроении обители принимал участие прп. Антоний Печерский, который в 1069 г. был в Чернигове. С самого существования монастырь был наделен разными угодьями. В 1159 г. в монастыре все здания, приходившие в упадок, обновлены были кн. Андреем Боголюбским, им же монастырь подчинен Печерскому монастырю. Вместе с г. Черниговом монастырь был сожжен Батыем в 1240 г. и до 1445 г. был в запустении. В 1445 г. монастырь был восстановлен кн. Иваном Можайским, в ведении которого был г. Чернигов. Окончательно обитель была восстановлена с переходом Чернигова во власть московских князей. Во время борьбы поляков с Москвою из-за Черниговского княжества монастырь был разрушен в 1579 г. польскими войсками Константина Острожского ив 1611 г. войсками Горностая. После этого монастырь запустел до 1624 г., когда
на развалинах монастыря поселились иезуиты и доминиканцы; в их власти монастырь находился до 1649 г., когда они были изгнаны Богданом Хмельницким. Восстановление монастыря начинается с 1657 г. В 1718 г. обитель была разрушена пожаром. В 1786 г. обитель зачислена в 1-й класс.

Храмов 3 каменных: соборный во имя Успения Пресвятой Богородицы первоначально основан в 1060 г., обновлен в XV в. и в нач. XVII в. с приделами: правым - во имя собора Арх. Михаила, и на хорах во имя св. вмч. Георгия; во имя св. ап. Иакова пристроен к Успенскому собору в конце XVII в., освящен в 1701 г.; во имя свв. апп. Петра и Павла, при настоятельских кельях, с приделом во имя свт. Димитрия Ростовского (освящен в 1879 г.).

В соборном храме в иконостасе находилась чудотворная Елецкая-Черниговская икона Богоматери, список с подлинной древней иконы, что была утрачена после разорения в 1611 г.

К 1920 г. монастырь был закрыт, монахи репрессированы. Летом 1920 г. в монастыре был концлагерь Губчека. Петропавловская церковь была преобразована под театр, потом в ней находился спортклуб «Динамо».

На Преображение Господне 19 авг. 1992 г. в храме свв. апп. Петра и Павла состоялось первое после длительного перерыва церковное богослужение.

В 1996 г. была отреставрирована колокольня. В следующем, 1997 г. были оборудованы мастерские: швейная; золотошвейная; иконописная. В обустроенной просфорне сестры выполняют трудное, но почетное послушание просфорниц. В Елецкой обители сейчас живет более 40 насельниц.

К престольному празднику 12 июля 1997 г. была произведена наружная реставрация храма свв. апп. Петра и Павла. Восстановлены разрушенные восточные кельи. К концу лета 1998 г. были закончены основные ремонтно-восстановительные работы в Елецком Успенском соборе. Отремонтирован домик свт. Феодосия, Черниговского чудотворца.
1 апр. 1999 г. произошло долгожданное событие - чудотворная Елецкая икона Пресвятой Богородицы возвращена в родную обитель. В храме свв. апп. Петра и Павла рядом с Елецкой иконой Божией Матери был помещен ковчежец с частицами мощей Черниговских угодников Божиих: свт. Феодосия (Углицкого) и прп. Лаврентия (Проскуры). С 1996 г. 7-14 сент. празднуется память свт. Феодосия Черниговского, всея Руси чудотворца, с торжественным обнесением мощей по святым храмам.
В настоящее время в монастыре около 40 насельниц. Они полностью обеспечивают себя всем необходимым, т. к. на территории есть небольшое подсобное хозяйство.