Церковь во имя Святителя Чудотворца Николая Архиепископа Мирликийского и Иннокентия первого епископа Иркутского в Глазковском предместье построена в 1858-1859 годах за полтора года. Закладка церкви состоялась 27 апреля 1858 года. В воскресенье 20 сентября 1859 года состоялось освящение храма. Основной жертвователь на постройку Николо-Иннокентиевского храма Яков Степанович Малков. Одноглавый храм с небольшой трапезной и колокольней.

Два года после освящения Николо-Иннокентиевская церковь оставалась приписной к Троицкому храму, не имела своего собственного причта. Богослужение совершалось по праздникам приходящим священником из Троицкой церкви. С 1861 года самостоятельный приход. В 1863-1866 годах пристроен северный Успенский придел.

В 1934 году церковь закрыли, венчания сломаны, перестроена. Здание храма использовалось под кинотеатр.

В 1997 году церковь возвращена верующим.