Монастырь Рождества Богородицы был основан на берегу Протвы преподобным Пафнутием Боровским. О его построении Калужская Летопись говорит так: "В 1437 году супруга князя Владимира Андреевича - Елена, в монашестве Евпраксия, благословила внука своего, Василия Ярославича построить монастырь Рождества Пресвятой Богородицы, и предполагая в том монастыре быть погребенною, дала ему село с деревнями". Подобное отношение к новому монастырю было не удивительно, так как его основатель, преподобный Пафнутий, святостью своей жизни привлекал в обитель и простолюдинов и окрестных князей - сам Великий Князь Московский Иван III приезжал к преподобному Пафнутию говеть и причащаться. Родной брат Ивана III - князь Борис Васильевич Волоцкий - хотел взять обитель под свое покровительство, но преподобный Пафнутий сам бил челом Великому князю, чтобы тот взял его монастырь под свою державу, что тот и сделал. Семейное предание московских царей до самой смуты считало преподобного Пафнутия покровителем царской семьи.

Оставался весьма известен и сам монастырь. Так, в 1592 году в нем был Тырновский митрополит Дионисий, а в 1592 и 1595 гг. - царь Феодор Иоаннович. В 1598 году, при избрании на царство Бориса Годунова соборную грамоту подписали в числе прочих Боровский игумен Иоасаф и келарь старец Геласий. Во время смуты, в 1610 году, монастырь был сожжен, и в нем "побито было всякого звания людей двенадцать тысяч человек". По окончании Смуты представители Пафнутьева монастыря участвовали в Земском Соборе 1613 года, грамоту которого об избрании на царство Михаила Романова подписал между прочими и Пафнутьевский архимандрит Иона.

По штату 1764 года в Пафнутьевом первоклассном монастыре оставлено монашествующих вместе с послушниками 33 человека, почти все монастырские имения отторгнуты. Все имения были отторгнуты, кроме пустоши Суслово.

В 1923 году все имущество обители было передано Главмузею, но вскоре там разместили исправительную колонию, затем сельхозтехникум.

Пафнутьев Боровский монастырь, в октябре 1941-го был превращенном немцами в концентрационный лагерь, где томились тысячи советских людей. Красная Армия освободила соотечественников в январе 1942-го.

Монастырь возвращен Церкви в марте 1991 года.

К началу ХХ в. в обители было 6 каменных храмов:

Пятиглавый собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы, был построен в 1467 году. Иконостас был сделан по заказу царя Михаила и его супруги Евдокии, греческого письма. В XIX в. к нему был пристроен притвор и переделаны купола;
Церковь св.великомученницы Ирины, пристроена с северной стороны к собору. как гласила надпись в иконостасе, храм был построен в 1651 г. княгиней Ириной. При входе в церковь в стене имелся камень с надписью, что здесь погребен дядя царя Феодора Ивановича, окольничий Лупп Клешнин;
Церковь Рождества Христова, ранее была расписана фресками ;
Ильинская больничная церковь была построена во второй половине XVП в. Митрофаниевская церковь, построена в 1760 г., двухэтажная, под ней похоронены настоятели монастыря;
Церковь во имя Всех Святых, была построена в 1837 г. князем Н.А.Волконским на гробах предков. Монастырская колокольня в 5 ярусов была построена в XVII в., обитель обнесена крепостной стеной и башнями.

В соборе под спудом почивают мощи основателя обители преподобного Пафнутия.