К концу XVІІІ в. в Херсоне построено 5 церквей. Первая церковь Святого Михаила архангела построена из дерева в крепости. Греки, поселившиеся в Херсоне, построили в 1780 г. Греческую церковь Святой Софии (Греко-Софийский собор). Это самая старая из всех существующих церквей в Херсоне. В 1786 г. в крепости построили церковь Святой Великомученицы Екатерины. В 1798 г. по просьбе купцов и мещан построен Успенский собор (по современной ул. Ленина). Одна церковь построена на Военном форштадте.

История храма очень интересна и примечательна. В начале основания Херсона правительство, в своем стремлении ускорить заселение обширного степного края, решилось привлечь сюда поселенцев иностранного происхождения. Предприимчивый коммерческий народ стекался из разных мест, и греки явились ранее других и возродили торговую деятельность. В 1770 году, во время войны русских с турками, как только русская эскадра под начальством графа Орлова показалась в Средиземном море, то греки - жители разных островов - не замедлили восстать против своих вековых угнетателей. Кончилась война, заключен в 1774 году 21 июля весьма выгодный для России Кучук-Кайнарджийский мир, а греки, которые восстали во время войны против турок, остались ни с чем. Положение восставших греков оказалось безвыходным. Не желая стать лицом к лицу с турецкими палачами, им ничего более не оставалось, как согласиться на предложение Русского Правительства эмигрировать в Россию. Таким образом, восставшие греки сошлись на корабль и отправились в новую, неведомую для них страну. При этом они не могли просто так расстаться с своею приходскою церковью и ее иконостас и вообще всю внутренность церкви взяли с собой. Прибыв в Херсон в 1780 году, они, первые из поселившихся в Херсоне иностранцев, добились у строителя города генерала фельдцехмейстера Ганнибала разрешения на постройку храма, заложенного архиепископом Славянским и Херсонско-Таврическим Никифором во имя священномучеников, епископствовавших в Херсоне, и святой Софии Премудрости Божией 16 июня 1780 года. А окончена постройка и освящена того же года 10 ноября, в которой установили привезенный иконостас с иконами. Сначала церковь была деревянная, но в 1808 году частично переделанная в каменную, с двумя пределами: нижний - в честь Рождества Божией Матери, верхний св. Константина и Елены. И до настоящего времени сохраняет свой первоначальный вид. В четырех нишах верхней части барабана колокольни установлены скульптуры апостолов, вырезанные из дерева, они придают храму своеобразный вид. Особенно замечателен своею оригинальною резьбою иконостас, вырезанный из дерева греческими мастерами в совершенно особенном стиле. Самое название церкви - Греко-Софийская (в 1808 году она освящена во имя Рождества Богородицы) - подтверждает те мысли, что связывались с заселением края и осуществлением Греческого проекта. С основанием г. Одессы торговля Херсона с каждым годом падала, и в 1810 году существовавшие в Херсоне торговые конторы совершенно прекратили свою деятельность. Теперь осталась только греческая церковь и то по имени, да часть города, когда-то называемая Греческим, а сами греки переселились в Одессу и другие порты Черного и Азовского морей для более обширной торговли. Перед началом Отечественной войны в церкви какое-то время не служилось, немного позже церковные службы вновь были возобновлены.