Монастырь основан в царствование Алексея Михайловича игуменом Феодосием в 1659 году. Все постройки деревянные, через 100 лет заменили каменными. Монастырь славился строгостью устава, поэтому сюда приходили монахи из других обителей, желавшие спастись в более суровых условиях. Одно время по причине бедности пустынь была приписана к Саровской обители, но затем вновь обрела самостоятельность. В монастыре было воздвигнуто 5 храмов: соборный во имя Рождества Пресвятой Богородицы (двухэтажный каменный с Предтеченским приделом в нижнем храме, построен в 1765-1773 годах, интерьеры 1780-е годы); храм Иоанна Предтечи; церковь Сретения Владимирской иконы Божией Матери (каменная, построена в 1780-1782 годах); храм в честь Преображения Господня (надвратная церковь, построена в 1774-1776 годах) и церковь во имя Вознесения Господня. С жизнью монастыря связано имя старца Феодора (Ушакова), настоятель в 1764—1774 годах. Его усилиями бывшая Санаксарская пустынь, предназначенная к закрытию и выведению за штат по повелению императрицы Екатерины II, стала именоваться монастырем и со временем превратилась в процветающую обитель Тамбовской епархии. У стен собора во имя Рождества Пресвятой Богородицы похоронен племянник старца выдающийся флотоводец Федор Ушаков.

В 1920-е годах монастырь закрыт, братия репрессирована, святыни поруганы и уничтожены.

Летом 1991 года обитель начала возрождаться.