Постр. в 1783—87 на средства С.Ф.Долговой, согласно завещанию ее мужа, титулярного советника Л.И.Долгова, в благодарность за избавление семьи от эпидемии чумы, его зятем, арх. Е.С.Назаровым, на первом в Москве городском кладбище — Лазаревском (осн. в 1750 на немецком кладбище, ок. Убогого дома — морга для неопознанных трупов, вначале только для бедных). Первый проект храма арх. В.И.Баженова. Предшественник — деревянный кладбищенский храм Воскрешения св. праведного Лазаря (осв. в 1750, разобран в 1800).
Образа — работы Скотти, стенопись — Клаудио.
В 1903—04 по проекту арх. С.Ф.Воскресенского храм обновлен, была более чем
вдвое расширена на зап. трапезная (восстановлены зап. фасад и венчающие его башенки — колоколенки). Старые приделы стали алтарями новых.

Храм — многогранная ротонда, двухъярусный с низким куполом, одноглавый, с парадной стороны трапезной — две двухъярусные башни-колокольни, между ними — портал с 4 колоннами.

В 1920-х храм захватили обновленцы. В 1922 из храма изъято св. 7 пудов золотых и серебряных церковных украшений и утвари. 28.VI.1923 на кладбище похоронен настоятель храма свт. Николая Чудотворца в Кленниках св. праведный Алексий Мечев (литию на кладбище, т. к. храм находился в руках обновленцев, отслужил выпущенный
за день до похорон на свободу Патриарх Тихон). В 1926 похоронен художник В.М.Васнецов.
После закрытия в 1934 кладбища (на его месте устроен детский парк) их прах перенесен на Введенское (немецкое) кладбище.

Закрыт в 1932, разгорожен на 2 этажа, в нем размещались общежитие, склады, затем театральные мастерские и репетиционная сцена.

Возвращен РПЦ в 1991.

Главный престол — Сошествия Святого Духа, приделы - Воскрешения св. праведного Лазаря Четверодневного, свт. Игнатия, епископа Ставропольского.
К храму приписана часовня Владимирской иконы Божией Матери, осв. в 2000 в память всех погребенных на Лазаревском кладбище.