Храм с главным престолом Софии Премудрости Божией построен в 1682—86 в слободе царских садовников с трапезной с приделами апостола Андрея Первозванного (1722) и святителя Николая Чудотворца. Одноименная деревянная церковь (первое письменное упоминание в летописи (в связи с пожаром) — 1493) находилась, предположительно, западнее от сегодняшнего месторасположения Софийского храма, там, где сейчас находится «Дом на набережной». В 1862—68 возведена стоящая отдельно на Софийской набережной, напротив Кремля, высокая шатровая колокольня с храмом (в нижнем ярусе) иконы Божией Матери «Взыскание погибших» (арх. Н. И. Козловский). В 1890-93 вместо обветшавшей старой трапезной Софийского храма построена новая (арх. Веригин) с одноименными приделами.

Закрыты около 1930. Владимирская икона Божией Матери (кон. XVII в.) попала в 1933 в Третьяковскую галерею. Здания использовались под многоквартирный дом. лабораторию Московского института стали и сплавов, учреждение.

Софийский храм увенчан горкой кокошников с глухим пятиглавым завершением. На главах — покрытие из зеленой поливной черепицы. Наличники на окнах — XVII в. Трапезная (ее боковые фасады напоминают стены колокольни) служит как бы связующим звеном между контрастными в архитектурном отношении Софийским храмом и колокольней. Шатровая колокольня — арх. стилизация (смешение древнерусских и условных романо-мавританских мотивов). В окнах сохранились первоначальные решетки сложного рисунка. В 1970-х начаты реставрационные работы. Надвратный храм — однопрестольный — иконы Божией Матери «Взыскание погибших» возвращен верующим в 1994 (осв. малым чином в 1995). В Софийском храме продолжается реставрация. Работают магазины православной литературы и церковной утвари.