Андреевский мужской монастырь основан в 1648 на месте сгоревшего в 1547 (согласно преданию, первая обитель была здесь в XIII в.) на правом берегу р. Москвы (в районе современных Воробьевых гор) близким советником царя Алексея Михайловича, гос. деятелем Ф.М.Ртищевым, много сделавшим для развития культуры. Пригласив из Киева ученых монахов — Епифания (Славинецкого), Арсения (Сатановского), Дамаскина (Птицкого) и Феодосия (Сафановича), организовал первую в Москве школу (т.н. Ртищевское братство), предшественницу Славяно-Греко-Латинской академии. Монахи ученого братства переводили на русский язык иностранные книги. Первоначально монастырь назывался Преображенской пустынью. В 1675 coopужён каменный надвратный четырехугольный, однокупольный храм святого мученика Андрея Стратилата (на месте одноименного деревянного 1591, построенного по случаю избавления Москвы от нашествия крымского хана Казы-Гирея в день памяти святого Андрея Стратилата) и монастырь стал называться Андреевским. До 1764 в храме были приделы святого Феодора Стратилата (по тезоименитству Ф. М. Ртищева) и апостола Андрея Первозванного. В 1689—1701 Ртищевым в стиле московского барокко построен соборный храм Воскресения Христова в Пленницах (в излучине Москва-реки, около монастыря, сплавлявшиеся по реке бревна складывались в плоты — пленницы или поленницы). Перестроен в XIX в. До наших дней сохранился фриз из крупных изразцов мастера С. Полубеса (кон. XVIII в.). В 1748 на средства гр. С. Б. Шереметева coopужён в классическом стиле трехъярусная колокольня с храмом архангела Михаила под ней (перестроена в 1848 на средства М. Соткина и переосвещена во имя апостола Иоанна Богослова). В 1725 монастырь закрыт и функционировал до 1730 как заведение для приема и содержания подкидышей и беспризорных детей (прообраз Воспитательного дома). В 1730 возобновлен. В 1765 окончательно упразднён, храмы обращены в приходские. В 1775 учрежден женский воспитательный работный дом. На месте обветшавших стен монастыря построен восточный корпус богадельни, северный корпус — сер. XIX в., южный — 1878 (до 1 тыс. человек). В 1900 при храме Воскресения открыта церковно-приходская школа.

В 1918 богадельня закрыта и передана под жилье. В том же году закрыт надвратный храм святого мученика Андрея Стратилата, в 1924 — Воскресения Христова, ок. 1940 — апостола Иоанна Богослова. С 1960-х в монастыре размешался научно-исследовательский институт.

В 1960—70-х здания монастыря реставрировались. В августе 1991 образовано Патриаршее подворье и принято решение о размещении в обители Синодальной библиотеки Московского Патриархата.

С марта 1992 возобновлены богослужения в храме Воскресения Христова, в 1997 восстановлена звонница в колокольне над храмом апостола Иоанна Богослова (10 колоколов общим весом 6 т. изготовлены на заводе Рудольфа Пернера в Пассау, Германия).

Комплекс бывшего Андреевского монастыря возвращен РПЦ.

Святыни — особо чтимая Казанская икона Пресвятой Богородицы (в центральной части храма Воскресения Христова, к сев. от алтаря), скульптурное деревянное распятие (XIX в.; возвращено 14.11.1995 музеем «Новый Иерусалим»). Проводятся церковные чтения, есть баптистерий для крещения взрослых, общеобразовательная школа, мастерские по изготовлению церковной утвари.

Святого Мученика Андрея Стратилата надвратный храм.

Апостола Иоанна Богослова храм.

Воскресенья Христова храм.