Постр. в 1759 на белокаменном фундаменте (подклете) храма первой пол. XVII в., к-рый сменил храм 1531, в слободе Старое Ваганьково. Происхождение названия слободы имеет несколько версий от слов: «варганить» — потешать, шутить (здесь в XV— XVI вв. жили царские и боярские скоморохи и псари); «ваганец» — место, где взимали денежный (ваганный) налог в зависимости от веса ввозимого в Москву товара; от«ваган» («важан») —жители Вяжской обл., переселенные в Москву.

В 1745—49 значительно перестр. юж. придел преп. Сергия Радонежского, известен с 1702 (после перестр. осв. в конце 1755) и главный престол сет. Николая Чудотворца — с 1759. В 1782 с зап. пристр. колокольня (разобрана в 1842, остался
нижний ярус, где разместился притвор). В 1812 пострадал от нашествия наполеоновских войск. В 1895—1903 с зап. увеличили придел сорока мучеников Севастийских и, расширив старый притвор, возвели над ним в 1902 звонницу, стилизованную под старинную псковскую (арх. Г.П.Евланов).

Храм — немного вытянутый с сев. на юг, четырехугольный. Завершается главкой на восьмигранном барабане с остатками примыкающих к нему стен прежней алтарной части, с Сергиевским приделом, трапезной и ассиметричной алтарной частью. На ней и трапезной сохранился тонкий белокаменный карниз.

В 1813 приписан к Антипьевскому, в 1819-к Крестовоздвиженскому храмам, с 1842 — домовый храм Дворянского института, с
1849 — мужской гимназии, с 1861 — Румянцевского музея (ныне Российская государственная библиотека), размешавшихся в доме П.Е.Пашкова (постр. в 1786 арх. В.И.Баженовым). Веер. 1850-х в храме любил молиться Н.В.Гоголь. Настоятелем храма был протоиерей Леонид Чичагов, впоследствии митрополит Серафим.

Закрыт в 1929. Использовался как склад Библиотеки им. В.И.Ленина (ныне Российская гос. б-ка). Внутреннее убранство утрачено. Частично перестроен. С 1980 начались реставрационные работы. Осв. в 1992.

Святыни: иконы Божией Матери «Державная», свт. Николая Чудотворца. При храме — общеобраз. негосударственная школа.