Впервые упоминания в письм. ист. — в летописях 1377. Существует несколько версий возникновения монастыря Согласно преданию, кн. Иван Калита в память о святителе Петре, митрополите, построен в селе Высоком в 1330-х монастырь (во имя святых апостолов Петра и Павла) с храмом Боголюбской иконы Божией Матери. Согласно другому преданию, монастырь возник при жизни святителя Петра, митрополита, в 1326. Наиболее вероятно, что монастырь основан самим святителем Петром, митропо литом, в 1315—16. Назывался первоначально Петропавловским. Отстроен при благоверном княхе Димитрии Донском, который после Куликовской битвы (1380) построил деревянный храм Боголюбской иконы Божией Матери. В XV— XVII вв. был одним из важных звеньев сев. оборонительного пояса Москвы, состоявшего из монастырских-крепостей (Страстного, Никитского, Рождественского, Сретенского и Иоанновского). В 1505—17 перестроен Великим князем Василием Ивановичем и назван Петровским на Высоком, в честь святителя Петра, митрополита. В 1514—17 на месте деревянного храма апостолов Петра и Павла (1315—16) построен каменный во имя святителя Петра, митрополита (арх. Алевиз Фрязин Новый). В 1680—90-х монастырь отстроен заново на средства бояр Нарышкиных, прежде всего матери Петра I Натальи Кирилловны, братья которой Иван и Афанасий Нарышкины были убиты во время Стрелецкого бунта 1682 и похоронены в монастыре.
Петр I велел построить вместо древнего новый Боголюбский храм (1684—85) над их гробами и начал coopужать в память своего спасения в Свято-Троице-Сергиевом монастыре, во время заговора царевны Софьи в 1689, трапезного храма преподобного Сергия Радонежского (1690—92). Оба храма — пятикупольные, в форме куба. Открытая галерея на аркадах соединяет храм преподобного Сергия Радонежского с корпусом келий (1690), с домовым храмом (1690—92). Такая же галерея окружала Богоявленский собор. К этому времени относится строительство Святых врат с надвратным храмом Покрова Пресвятой Богородицы, двухъярусной колокольни и стен монастыря. С внутреней стороны зап. и вост. стен — аркады, которые завершают обрамление монастыря двора со всех сторон.
В монастыре похоронены и другие представители рода Нарышкиных, а также других старинных родов.
Подвергался пожарам (в 1493 и в XVII в.). В 1744—50 на средства Н. А. Нарышкиной coopужён храм в честь Толгской иконы Божией Матери, в 1753—55 храм во имя преподобного Пахомия Великого (переосвещён в 1914 во имя святых апостолов Петра и Павла). В 1812 монастырь ограблен наполеоновскими войсками. Расстрелянные ими московские жители похоронены около колокольни. В XIX в. к ю.-з. торцу Боголюбского собора пристроен притвор. В 1905 в проходе Святых врат устроена часовня в честь Казанской иконы Божией Матери (закрыта в 1928).
После 1917 монастырь приютил архиереев, изгнанных местными властями или вернувшихся из ссылки, в 1923 — братию закрытой Зосимовой пустыни. В 1924 закрыт Сергиевский, в 1926 — Покровский и Толгский, в 1929 — Боголюбский храмы. Монастырь закрыт в 1926, подвергся разграблению. Часть ценностей вывезли в музеи (в Исторический музей передали чудотворный образ Богоматери Толгской (1744, живописец И. Андреев) и портрет Патриарха Никона (ок. 1683, приписывается живописцу Оружейной палаты И. Безмину). В монастыре размещались различные учреждения, в Боголюбском соборе — мастерская по ремонту сельскохозяйственных машин. В 1950 начались реставрационные работы. Здания монастыря передали учреждениям культуры, в т. ч. Литературному музею.
В 1992 возобновились богослужения в храме преподобного Сергия Радонежского. В 1994 возвращен РПЦ. Стал Патриаршим подворьем. В монастыре находятся Отдел религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви и Российский православный институт святого Иоанна Богослова, курсы законоучителей, иконописцев, регентов и церковных певчих, издательство «Просветитель».
Храмы.
В монастыре 6 храмов. Собор святителя Петра, митрополита Московского (постр. Алевизом Фрязиным Новым в 1514—17), в 1686 перестр. в стиле московского барокко (осв. в 1690 в присутствии царей Петра и Ивана Алексеевичей). Храм — ярусный, в плане — восьмилепестковый, восьмигранная башня увенчана шлемовидной главой. В 1984 восстановлен в первоначальном виде. Собор Боголюбской иконы Божией Матери (1684) с усыпальницей Нарышкиных. Преподобного Сергия Радонежского с трапезной (1690— 1702), главный престол — преподобного Сергия Радонежского, приделы (не восстановлены) — святителя Алексия, митрополита Московского и святителя Митрофана Воронежского. В 1690—96 в Святых воротах coopужён надвратный храм-колокольня (ярусный, купольный). В нижнем ярусе храм Покрова Пресвятой Богородицы, при реставрации в 1990-е его внутреннее убранство (иконы, лампады, кресты, паникадило) исполнено в керамике худ. Г. В. Куприяновым, алтарная преграда -арх. Ю. Алонов и Б. Осипова. Освящен 14.Х.1996. Храм Толгской иконы Божией Матери (1744, приписывается арх. И. Ф. Мичурину). Под юж. вратами монастыря храм преподобного Пахомия Великого (1753—55, арх. школы Д. М. Ухтомского). Сохранилась часовня-усыпальница Нарышкиных. Келейный храм в бывывших братских келиях не сохранён, перестроен, не возвращён. Храмы монастыря входят в состав Сретенского благочиния.
Боголюбской иконы Божией Матери собор.
Покрова Пресвятой Богородицы храм.
Пахомия Великого храм.
Толгоской иконы Божией Матери храм.
Петра, митрополита Московского собор.
Преподобного Сергия Радонежского храм.
Казанской иконы Божией Матери часовня.
Часовня-усыпальница.
Церковь, домовая.