Приписан к храму Спаса Нерукотворного Образа. Построен в 1691-94 и 1728-34 в Спасо-Андрониковом монастыре (Андроникова Спаса Нерукотворного монастырь основан в 1360 святителем Алексием, митрополитом Московским, назван по имени первого игумена, ученика преподобного Сергия Радонежского, преподобного Андроника). Первоначально в 1504—05 по велению Ивана III построена кирпичная трапезная, во втором этаже — одностолпная палата (трехрядный поребрик карниза — XVII в.). Под карнизом — лента красных изразцов. В 1691—94 к вост. фасаду на средства первой жены Петра I царицы Евдокии Лопухиной пристроен трехъярусный храм в стиле московского барокко. Предназначался для устройства усыпальницы рода Лопухиных. В его третьем ярусе — храм святителя Алексия, митрополита Московского (небесного покровителя родившегося в 1690 сына Евдокии Лопухиной и Петра I — царевича Алексея). После пострижения Е. Лопухиной в монахини (1694) дальнейшие строительные работы были прерваны. Возобновились после ее возвращения в Москву с воцарением Петра II (1727), сына царевича Алексея Петровича, ее внука. В 1728—34 над трехъярусным храмом надстроен восьмиугольный купол, завершенный миниатюрной главкой. Благодаря своей высоте доминирует в ансамбле монастыря. Пострадал от пожаров (1748, 1812, 1919), ремонтировался (1777-80, 1819, 1825, 1864), но не перестраивался. Стенная роспись утрачена к началу XX в.

На втором ярусе — главный престол архангела Михаила и приделы — священномуненика Александра Команского (ю.-в., 1838, слева от главного престола), Усекновения главы Иоанна Предтечи (зап., 1819, на месте упраздненного придела святых апостолов Петра и Павла).

На третьем — престол святителя Алексия, митрополита Московского.

В нижнем ярусе — престол Знаменской иконы Божией Матери и усыпальни Лопухиных.

Монастырь закрыт в 1922, храм в 1924. С 1960-х в нем — экспозиции Центрального музея древнерусской культуры и искусства им. Андрея Рублева. Храм верующим не передан. Решается вопрос о совместном использовании престола Знаменской иконы Божией Матери РПЦ и музеем.