Никольский собор был построен тщанием Святейшего Патриарха Адриана и в 1700 году им же освящен. До построения собора здесь находились три каменных церкви - Успенская, Николаевская и Сергиевская. Он их объединил: в верхнем этаже разместился храм свт.Николая Чудотворца, в нижнем - трапезный храм Преподобного Сергия, а в колокольне - церковь Успения Божией Матери. Четыре года ушло на его построение и благоукрашение - с 1696 по 1700-й. Патриарху при возведении собора деятельно помогали игумен обители Симон с братиею и келейник Святейшего иеромонах Герасим.

Никольский собор посредством деревянной галереи, идущей от юго-западного угла фасада крытой паперти, соединялся с верхними покоями Патриарших келлий, что объяснялось желанием облегчить больному Патриарху проход в храм. Галерея эта была разобрана, по всей видимости, сразу же после его кончины. В юго-западном углу церкви помещалась монастырская ризница, а в северо-западном - монастырская кладовая, служившая, как говорит предание, при Патриархе Адриане его моленною, из которой он через окно, выходящее в соборную церковь, слушал церковное богослужение. Окно это впоследствии было заложено.

В верхней Николаевской церкви в 1727 году стены были расписаны живописью, - позлащенными клеймами, изображающими евангельские события, - а св. алтарь украшен в 1717 году живописными изображениями из Священной истории. В обширном куполе изображено Вознесение Господне и небесные воинства. Живопись неоднократно возобновлялась.

Около верхней Николаевской церкви с двух сторон, - с северной и западной, - выдается обширная и светлая паперть, огибающая верхний храм с севера и с запада. Она была оштукатурена и в 1766 и 1767 годах сплошь покрыта хорошею живописною работою с лепными украшениями, - благолепными альфресковой работы рамами, изображающими в большинстве своем житие и чудеса свт. Николая. При митрополите Платоне в 1776-1778 гг. в Никольском верхнем храме собора был настлан чугунный пол вместо деревянного. В 1800 году на западной стене появились хоры, на которые входили с паперти, великолепно расписанные живописью. На них во время архиерейских служений пели семинарские певчие.

В северо-восточной стороне Николаевской церкви, над самым входом в нее, возвышается колокольня, почти такой же высоты, как и сам храм с куполом, - разделяющаяся на пять ярусов, из них в первом находится вышеуказанный вход в церковь, во втором по сведениям восьмидесятых годов 19-го века, была монастырская ризница, в третьем - небольшая, расписанная в 1767 году превосходной работы иконописью в сребропозлащенных клеймах церковь в честь Успения Божией Матери, в четвертом в 1784 г. были устроены боевые с четвертями часы, в пятом висят самые колокола, составляющие церковный звон.

В 1787 году, при митрополите Платоне, Успенская церковь внутри вся возобновлена и покрыта сплошь золотом и серебром. Впоследствии она реставрировалась неоднократно. Служба в ней за малопоместительностию совершалась только в храмовой праздник, что за редкими исключениями соблюдается и по сей день.