Построен в 1595 купцом С.Е.Вагиным (сохранилась закладная доска с надписями об этом событии) в Земляном городе, над устьем Яузы, у Москва-реки (ныне отгорожен от нее высотным домом) на Швивой горке (от древнерусского «ушь» — тернии, т.е. горка, покрытая сорной травой). Главный престол — священномученика Никиты. Включил фрагменты здания одноименного древнего храма (первое письменное упоминание о нем в летописи 1476). В 1684—85 с севера-запада пристроена шатровая колокольня, южный придел — Благовещения Пресвятой Богородицы с примыкающей к нему трапезной, северный портал. Значительно обновлен в 1740-е: coopужён придел преподобных Онуфрия Великого и Петра Афонского, главный иконостас, верх главного купола, глава южного придела, пониженный западный двухэтажный притвор основного храма в одной плоскости с трапезной Благовещенского придела, включивший в себя древнюю галерею и новое гульбище — открытую галерею, выходящую в сторону Москва-реки. В 1878—80 у северо-западного угла coopужён северный придел святой равноапостольной княгини Ольги (архитектор А.М.Попов) с отдельным входом.

Основное здание храма — бесстолпный куб, перекрытый крещатым сводом со световой главой. В центре, над закомарами с кокошниками, небольшая шлемовидная главка. Подклет одностолпный с кладкой из мелкого «алевизовского» кирпича. Южный придел с трапезной — бесстолпный, четырехугольный в плане, завершен 2 рядами килевидных кокошников, а также главой с 4 кокошниками у подножия барабана.

Глава основного здания храма, замененная новой в 18 веке, восстановлена по аналогам. Стены фасада, с общим венчающим карнизом, разделены лопатками на три части, каждая из которых завершается полукружием. На южном фасаде — кирпичный портал первоначального строительства, на северном — XVII в. Порталы облицованы керамическими (с рисунком) и белокаменными деталями.

Закрыт в 1936. Использовался как склад. Ворота и ограда разрушены. В 1958—60-х и 1970-х отреставрирован в стиле барокко 18 века.

В 1991 возвращен РПЦ. С 1992 - подворье (московское представительство) Афонского Русского Пантелеимонова монастыря. Здесь готовят будущих насельников Афонской обители. В 1996 построены ограда и две часовни в башнях при Святых вратах — святого великомученика Пантелеймона и преподобного Силуана Афонского.

Святыни: иконы со святыми мощами великомученика Пантелеймона, преподобного Силуана Афонского, святителя Феофана Затворника.