Идея создания на Подмосковной земле подобия святынь Палестины принадлежит Патриарху Никону, ему же принадлежит и попытка ее воплощения в жизнь. По его указанию в Святую Землю отправился ученый иеромонах Троице-Сергиева монастыря Арсений Суханов, который по возвращении из поездки доставил патриарху чертежи, планы и точную модель храма Воскресения Христова в Иерусалиме, а также чертежи Вифлеемского храма. Под личным наблюдением Патриарха Никона (он жил в скиту, здание которого сохранилось до наших дней) начались работы по воплощению в жизнь его грандиозного замысла. В 60 км от Москвы на глазах у изумленных современников возникал «Новый Иерусалим» - архитектурно-ландшафтная икона, совместившая в себе образы многих палестинских святынь. В центре ансамбля - храм Воскресения Христова, представляющий довольно точное подобие знаменитого храма в Иерусалиме. Рядом церковь Рождества Христова - напоминание о Вифлееме, месте рождения Спасителя. К северу от обители - село Скудельничье (Микулино), к северо-западу - горы Фавор и Ермон. У стен монастыря - березовая роща, названная Гефсиманским садом. Реку Истру Патриарх Никон переименовал в Иордан, а небольшой ручеек, протекающий у подножия монастырского холма, - в поток Кедронский. Увидеть свой замысел завершенным Никон не успел. Он был осужден Московским Собором в 1666 г. и сослан на Север, в далекий Ферапонтов монастырь. Строительство Нового Иерусалима надолго приостановилось. Возобновил работы в 1679 г. царь Феодор Алексеевич. Он же возвратил Никона из ссылки, но по пути в Москву Патриарх скончался. Тело его было доставлено в Новый Иерусалим и погребено в Иоанно-Предтеченском приделе Воскресенского собора. Строительство монастыря завершилось лишь при императрице Елисавете Петровне. При этом здания монастыря получили обработку в стиле барокко. В XVIII—XIX вв. над созданием ансамбля трудились выдающиеся зодчие: Растрелли, Бланк, Казаков, Воронихин, Витберг.

В 1919 г. Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь закрыли, монашескую общину упразднили. В 1920 г. на базе монастыря создан Художественно-исторический музей, коллекцию которого составили экспроприированные и национализированные ценности ризницы монастыря. Большой ущерб архитектурному ансамблю был нанесен в годы Великой Отечественной войны. Отступавшие германские войска 10 дек. 1941 г. взорвали Воскресенский собор и его колокольню, Дамасскую и Елизаветинскую башни, Святые врата обители, сожгли другие постройки. В послевоенные годы трудом отечественных реставраторов комплекс зданий в целом удалось восстановить.

В 1994 г. вновь был возобновлен Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь. В 1995 г. возвращены Церкви Воскресенский собор с земляной церковью святых Константина и Елены, храм Рождества Христова, скит патр. Никона, восточный братский корпус. В монастыре поновлена церковь свв. Константина и Елены, отреставрированы придел Архистратига Божия Михаила и Всех Сил бесплотных, Усекновения главы Крестителя Господня Иоанна Предтечи, которые освящены малым чином. Чином великого освящения Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием освящены отреставрированные соборный храм Рождества Христова в 1997 г. и придел Успения Пресвятой Богородицы в 1999 г. Открыта Кувуклия - Гроб Господень, после завершения демонтажа строительных лесов в Ротонде. Ист.-арх. и худ. музей «Новый Иерусалим» возвратил монастырю древнюю святыню - мощи мц. Татианы.