Владычный женский монастырь основан в 1360 г. свт. Алексием, митр. Московским, на месте, выбранном по особому указанию келейником святителя Варлаамом, который был первым настоятелем († 5 мая 1377 г.); при нем был построен каменный храм. Во время частых набегов татар в XV, XVI и XVII вв. монастырь был огражден стенами и амбразурами и имел вид крепости. До Иоанна Грозного монастырь был самым бедным, но с Иоанна Грозного благосостояние его увеличивается; в конце XVII и начале XVIII в. монастырь был приписан к Высоцкому монастырю и пришел в бедственное положение. В 1764 г. вместо игуменов положены строители. В 1806 г. был преобразован в женский и причислен к 3-му классу. Общежитие установлено в 1830 г.

Храмов в монастыре было 5 каменных: соборный в честь Введения Пресвятой Богородицы во храм, построен в 1362 г. прп. Варлаамом и освящен свт. Алексием; во имя свтт. Алексия, Ионы и Петра Московских, приделан к собору; во имя св. вмч. Георгия, двухъярусный, с приделом во имя св. царевича Димитрия Углицкого; в честь Вознесения Господня, под храмом св. Георгия, устроен в 1818 г. с приделом свт. Николая, устроенным в 1840 г.; в честь Нерукотворенного образа Спасителя, над вратами (1834 г.).

Главными святынями монастыря были: чудотворная икона «Введение во храм Пресвятой Богородицы» и мощи прп. Варлаама. В нач. XX в. в монастыре были игумения, 50 монахинь и 326 послушниц.

В мае 1995 г. во Владычном женском монастыре возобновлена монашеская жизнь. В настоящее время в нем 12 насельниц.

После октябрьского переворота подлинник иконы «Неупиваемая Чаша» был утерян. Сейчас во Владычном женском и в Высоцком мужском монастырях г. Серпухова находятся списки с иконы, которые также являются чудотворными. В обители находятся чудотворные иконы св. царевича Димитрия Угличского и св. мч. Иоанна Воина.

Перед тремя святынями Владычного монастыря: перед иконами «Введение Богородицы во храм», «Неупиваемая Чаша» и на надгробии прп. Варлаама горят неугасаемые лампады.