Время основания монастыря в точности неизвестно. Полагают, что он основан в XII в. вел. кн. Юрием Долгоруким; но бесспорное свидетельство о его существовании - в надписи на кресте, поступившем в монастырь в 1388 г. В 1652 г. он был приписан к Новгородскому митрополичиему дому. В 1664 г. стал самостоятельным. В 1682 г. был приписан к Заиконоспасскому монастырю. В 1724 г. вновь приписан к Новгородскому митрополичиему дому. В 1725 г. вернул себе самостоятельность под ведением Священного Синода. С 17б4 г. - 3-го класса необщежительный мужской монастырь. В 1777 г. на территории монастыря было основано Духовное училище.

Храмов 2 каменных: соборный летний во имя святых князей Бориса и Глеба (построен в XVI в., был возобновлен в 1620, 1680, 1778, 1824 и 1887 гг.) с приделом во имя святого Алексия, человека Божия (1656 г., возобновлен в 1758 и 1850 гг.); во имя святителя Николая Чудотворца (1685 г.) с приделом в честь Феодоровской иконы Божией Матери (1834 г.).

На рубеже XIX-XX вв. в монастыре были проведены капитальные ремонтные и реставрационные работы благодаря Е. С. Ляминой, вдове крупного фабриканта. Существенно был перестроен монастырский собор, которому был возвращен в общих чертах его изначальный облик.

В 1926 г. на территории монастыря был размещен музей Дмитровского края, что способствовало сохранению монастыря как памятника истории и культуры. Однако с 1932 г. в Борисоглебском монастыре безраздельно и бесконтрольно хозяйничало Управление строительства канала Москва - Волга и Дмитлага. С началом Великой Отечественной войны на территории монастыря разместилась воинская часть.

В 1993 г. началось возрождение Борисоглебского монастыря в качестве обители.