В 1792 г. на том же месте были построены новые монастырские святые ворота уже из кирпича, а над ними каменная церковь св. Иакова. Этот храм, построенный продолговатым четвероугольником, был расписан внутри и снаружи. Завершала его архитектуру каменная четырехугольная одноярусная колокольня с красивым металлическим крестом. На ней в начале ХХ было 10 колоколов, некоторые из них были очень древними.

В 1872 г. церковь св. Иакова была переосвящена в честь иконы Божией Матери Иверской, потому что было закончено строительство нового величественного храма во имя св. Иакова в северо-восточной части монастыря.

Иверская икона Божией Матери была очень почитаема в Боровичах, т.к. явление мощей Боровичского чудотворца произошло в праздник иконы Иверской Божией Матери. Длительное время с 1654 г. Свято-Духов монастырь был приписан к Валдайскому монастырю, построенному в честь Иверской иконы патриархом Никоном.