Новый храм, в честь св. пр. Иакова Боровичского чудотворца, был построен из красного кирпича, имел прямоугольную форму, был теплым, двухэтажным. Его украшали пять глав. Центральная глава с большим крестом была устроена на красивом восьмигранном световом барабане с шатровым завершением. Одной стороной церковь выходила на улицу, которая так же называлась в честь боровичского чудотворца Яковлевской (ул. Александра Невского).

Храм имел престолы: главный – во имя св. пр. Иакова, с южной стороны – во имя св. блг. влк. кн. Александра Невского, т.к. мощи св. князя некоторое время находились в Свято-Духовом монастыре при торжественном перенесении их, по указанию Петра I, из г. Владимира в г. Санкт-Петербург. Св. Александр Невский стал покровителем новой российской столицы. Тогда, 30 августа 1721 г., Петр I, после продолжительной и изнурительной войны со шведами, заключил Ништадтский мир. Этот день решено было освятить перенесением мощей блг. кн. Александра Невского из Владимира в новую столицу – г. Петербург. 30 августа 1724 г. Петр I встретил святые мощи у устья реки Ижоры, они были поставлены на галеру, сам император правил рулем, а чиновные особы сидели за веслами. Торжественно, в окружении русских генералов, Петр I поднял раку и перенес в Александро-Невскую Лавру, воздвигнутую в честь св. кн. Александра.

В 1790 г., тоже 30 августа, в присутствии императрицы Екатерины II мощи св. кн. Александра были перенесены в большую соборную Троицкую церковь Александро-Невской Лавры, где почивают и ныне. Некоторое время с 1741 г. Боровичский Свято-Духов монастырь был приписан к Александро-Невской Лавре.

На первом этаже храма был освящен престол во имя св. Николая. Храм св. Иакова является прекрасным памятником архитектуры русско-византийского стиля.

Монастырь был окружен кирпичной оградой с шестью башнями. Четыре из них находились по углам ограды, а две – посредине северо-восточной и юго-западной стен. Юго-западная башня выходила на реку Мсту, была особо украшена настенной росписью в память о том, что раньше здесь был главный вход в монастырь и стояла деревянная церковь в честь св. Иакова. До настоящего времени сохранились только угловые башни.

С 1830 г. по 1845 г. в монастыре ведутся большие строительные работы. Материальная помощь боровичскому монастырю была оказана митрополитом Новгородским и Санкт-Петербургским Серафимом и известным в русской истории архимандритом Фотием, наместником Новгородского Юрьего монастыря.

В это время был построен прекрасный каменный братский корпус, который находился по обе стороны от святых ворот. Это здание является архитектурным памятником русского классицизма. На монастырской соборной площади был построен двухэтажный настоятельский каменный дом. В нем были архиерейские, настоятельские и братские келии, кухня, трапезная, хлебопекарня. Недалеко от него находился каменный корпус со службами. Там было несколько братских келий, баня, квасоварня, кладовая, подвалы и погреба. Далее был расположен каменный скотный двор. В нем были коровник, конюшня, сарай и жилые комнаты для рабочих.

Перед монастырем была большая площадь и березовая роща. Здесь устраивали ярмарки в праздник св. Иакова. Крестьяне приезжали на лошадях и привозили для продажи поросят, кур, гусей, яблоки, моченую бруснику, грибы во всех видах и другие продукты. Купцы привозили свой товар. Шла бойкая торговля.

В трудное время Первой мировой войны часть здания Свято-Духова монастыря использовалась под лазарет. Насельники монастыря ухаживали за ранеными русскими воинами. Умерших от ран солдат и офицеров хоронили на специальном военном кладбище, которое находилось недалеко от кладбищенской Успенской церкви. Не так давно на месте этого кладбища установлена мемориальная доска и памятник в виде креста.

В феврале 1918 г. уездная комиссия г. Боровичи принимает постановление в закрытии Свято-Духова монастыря и прочих монастырей Боровичского уезда. Мотивировалось это недостаточностью в г. Боровичи построек для приюта, богаделен и училищ. Престарелых священнослужителей и монахов сочли возможным оставить при монастыре в богадельне. Более молодым и здоровым было предложено в двухнедельный срок найти себе другое место.

17 апреля того же года ликвидационная комиссия приступила к работе. Ее сопровождала сотня солдат, вооруженных винтовками со штыками. Монастырь предварительно был окружен со всех сторон солдатами, а затем уже ликвидационная комиссия приступила к проверке монастырского инвентаря, процентных бумаг и наличных сумм.

Таким меры, предпринятые комиссией, были не случайны. Еще 19 января, когда в Свято-Духов монастырь пришли комиссары г. Боровичи описывать имущество, народ, решив, что монастырь закрывают, избил этих комиссаров. В результате двух иеромонахов, монаха и многих граждан посадили в тюрьму.

В результате действий ликвидационной комиссии монастырь подвергся опустошению. Для оставшихся монахов выделили по железной кровати, табуретке и столу. Только иеромонаху Мисаилу и архимандриту Владимиру оставили немного больше вещей.

Свято-Духов монастырь был закрыт, его храмы были превращены в приходские, которые действовали недолго. В 1920 г. из церквей бывшего Свято-Духова монастыря были изъяты серебряные церковные ценности весом более 16 кг. Вскоре храмы были закрыты, уничтожены почти все приметы, напоминающие о культовом их назначении, разобрана колокольня, уничтожено древнее монастырское кладбище.

В годы Великой Отечественной войны на территории бывшего Свято-Духова монастыря вновь находился госпиталь, но только для военнопленных. Госпиталь под № 3810 занимал все помещения монастыря. Здесь лечили немцев, венгров, итальянцев, поляков. Позднее долгое время на территории монастыря находилась воинская часть.

Событием особой важности в духовной жизни г. Боровичи, явилось возвращение Православной Церкви Свято-Духова монастыря. Несмотря на многочисленные перестройки, ансамбль Свято-Духова монастыря отличается соразмерностью своих сооружений и особым архитектурным обликом.

14 сентября 2000 г., после 70-летнего перерыва, в древнюю святыню вновь вошли верующие, и в храме св. Иакова был отслужен молебен собором боровичских священников. Сейчас монастырь стараниями священника Валерия Дьячкова постепенно обретает прежнее благолепие. Летом 2002 года на храм Святого Духа были вновь воздвигнуты золотые купол и крест.