Летом 1831 г. состоялась закладка церкви. Ее строительство продолжалось долго – свыше 10 лет. Объяснить это можно материальным положением владельцев усадьбы. Из-за огромных долгов графини (послуживших причиной установления попечительства над имением) на строительство церкви отпускалось очень мало средств. Остается неизвестным, почему построенная к 1841 году церковь оставалась не освященной до 1846 г.

30 июня 1872 г. в Петропавловской церкви в Парголово состоялось венчание Н.А.Римского-Корсакова с Н.Н.Пургольд. Шафером на свадьбе был другой великий композитор – М.П.Мусоргский.

До 1917 г. церковь была семейной церковью – памятником и хорошо сохранилась. После 1917 г. имение Шуваловых много раз меняло своих владельцев: интернат школы, дом отдыха с 1926 по 1935 г., Ленинградский военный округ (1935-1948г.), Министерство автотранспортной промышленности.

Во времена богоборчества парк и церковь постепенно разрушали. Гранитные плиты с мостика на Адольфовой аллее сняты. Гриб-беседка сгнила ещё в 1930 г. Чугунный крест на вершине склепа сломан; герб Шуваловых (золоченая бронза) сняли около 1922 г.; обеих дверей нет. Склеп был обращен в сарай для сена. На территории склепа выстроен стандартный домик-свинарник. Решетка вокруг склеп снята. На колокольне церкви ажурная чугунная вышка уничтожена в 1935 г.

Во время работ по реконструкции в 1930-х годах был снят верхний ярус колокольни и металлический шпиль, уничтожены резной иконостас и скульптуры двух апостолов. Тогда же оконные переплеты готического рисунка были заменены обычными переплетами и устроено междуэтажное перекрытие. Около 1935 г. помещение церкви было приспособлено под физико-терапевтический кабинет центрального санатория ДККА.

Война 1941-45 гг. пощадила это здание. С 1948 г. Шуваловская усадьба передана Министерству автотранспортной промышленности, а в церкви размещена опытная лаборатория НИИ токов высокой частоты им.В.П.Вологдина.

В1954-57 гг. были произведены работы по реставрации интерьера: снято междуэтажное перекрытие и восстановлены переплеты готического рисунка. Однако второй ярус колокольни и металлический шпиль еще не восстановлены.

В 1977г. владельцы освободили здание церкви для проведения реставрационных работ. Но, перегруженное работой на больших объектах (Петергофский, Царскосельский и Гатчинский дворцово-парковые ансамбли) СНПО ;Реставратор;, не могло приступить к реставрации церкви ни в 1977, ни в последующие годы.

В результате снятия охраны, отключения отопления, последующих пожаров, разрушения кровли и водостоков, наполнения подвалов водой, здание храма начало разрушаться. Так, архитектурная жемчужина Санкт-Петербурга – памятник Федерального значения, превратился в руины.

К середине 80-х годов новые исторические и экономические условия в стране создали предпосылки для возрождения многих разрушенных памятников русского зодчества. Развитие кооперативного сектора стало альтернативой монополии СНПО;Реставратор;. Руководство НИИ ТВЧ получило возможность поручить свой;невыгодный; объект заинтересованным кооперативным объединениям для проведения реставрационных работ.

Интенсивным импульсом к возрождению церкви Петра и Павла послужил следующий случай. К заместителю главного инженера объединения ВНИИ ТВЧ т. Кучеровскому Владимиру Станиславовичу обратилась преподаватель ЛЭТИ Николаева Галина Александровна и попросила возродить бывшую церковь Петра и Павла в знак памяти о ее сыне и многих других сыновьях, погибших в Афганистане. Материнское горе стало таким мощным толчком, что НИИ ТВЧ активно занялся вопросами реставрации. А на судьбу этой мемориальной церкви второй раз оказала созидательное влияние побеждающая все преграды неизбывная женская скорбь.

И лишь в 1991г., когда здание церкви с затопленными подвалами, перенесшее не один пожар, с утраченным убранством лепниной сводов, разрушающейся кирпичной кладкой свода и стен было передано Приходу православной церкви, и в нем возобновились богослужения, началось и возрождение храма как памятника архитектуры.

По благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Иоанна настоятель возрожденного прихода о.Николай (Головкин) начал восстановление храма при благотворительной помощи многих организаций, частных лиц и поддержке ГИОП. С трудом доставался пудостский камень из Гатчинских каменоломен, которым изначально был облицован фасад здания храма; лесоматериалы для столярного заполнения окон и витражей. Приходили люди, отдавая свое умение и навыки, а главное – охваченные желанием помочь восстановлению храма.

И постепенно храм оживал. Загорелись сердца прихожан, свечи перед иконами. Засветились глаза детей, засияли паникадила. Хлынуло солнце через витражи в новые окна. Стены, вновь обретшие штукатурку и лепнину, вознеслись легкими нервюрами колонн к готическому своду. Резьба по дереву, повторяя готический мотив, начинает играть на восстанавливающемся иконостасе. Чудо, которое являет Господь в возрождении храма, совершается в сердцах наших, подвигающих каждого внести свою лепту. Еще много предстоит сделать для воссоздания первоначального облика храма: ажурный шпиль, чеканные башни, резной иконостас. Но главное уже сделано – возрожден еще один православный приход.