Основан в середине XVI в. преподобным Мартирием Зеленецким.

Между Старой Ладогой и Тихвином, посреди болот, возвышается местность с ярко зеленеющей на ней растительностью, которая называется Зеленый остров. В это уединенное место в середине XVI в. пришел инок Тихвинского Успенского монастыря Мартирий и основал монастырь, который был назван Зеленою Мартириевою пустынью.

Первым был построен деревянный храм во имя Святой Троицы, а затем и деревянная церковь Благовещения Пресвятой Богородицы.

В 1613 г. монастырь был разрушен шведами. Восстановлен при царе Михаиле Феодоровиче. В XVII в. достиг высокого уровня благоустройства благодаря заботам Новгородского митрополита Корнилия (1698 г.). С 1771 г. - 3-го класса общежительный мужской монастырь.

Двухэтажный соборный храм был посвящен Святой Троице. Нижний храм построен при в 1684 г. при Новгородском митрополите Корнилии и освящен во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Зимний храм был освящен в 1686 г. в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. В нижнем этаже соборного храма почивают под спудом мощи основателя монастыря преподобного Мартирия Зеленецкого.

До революции монастырь владел обширными угодьями и имел значительный капитал. После 1917 г. обитель была закрыта и разграблена.

Святой Мартирий перед своей кончиной обещал братии, что если обретет милость у Господа, то не оставит монастырь без своего покровительства. Эти слова сбываются на наших глазах - с 1992 г. обитель возрождается вновь.

Святыня: Мощи преподобного Мартирия Зеленцкого.