Основание Иоанно-Предтеченского монастыря связано с именем архимандрита Германа (впоследствие - второго архиепископа Казанского), настоятеля Успенского Свияжского монастыря. Уже в 1560-е годы близ Казанского Кремля разместилось подворье Свияжского Успенско-Богородицкого монастыря, которое в 1595 году было преобразовано в самостоятельный монастырь.

Все первоначальные монастырские постройки сгорели в 1649 году. Важная роль в хозяйственном возрождении обители и новом строительстве принадлежала Гавриилу Федоровичу Антипину - торговому человеку Гостиной сотни. В XVII веке самые богатые предприниматели назывались «гостями», их на всю Казань было не более 7-10 человек. Гостиная же сотня составляла следующую по богатству купеческую корпорацию. Гавриил Антипин торговал с Персией и большую часть времени жил в Казани на Гостином дворе, располагавшемся в непосредственной близости от монастыря. Уже в 1649-1652 гг. на средства Антипина были построены: существующий и сейчас братский корпус с Введенской церковью, двухэтажный корпус келий, выходящий к Гостиному двору и трехъярусная колокольня, стоящая в центре монастырской территории. Эти строения составляют в настоящее время единственный сохранившийся в Казани комплекс середины XVII века, построенный в соответствии с тогдашними столичными традициями.

Трагическая судьба ждала главный храм Иоанно-Предтеченского монастыря. Огромный собор с тремя шатровыми главами (вероятно, один из последних в России, поскольку в 1653 году патриарх Никон запретил шатровые завершения церквей) был снесен в 1886 году, несмотря на протесты общественности. Построенный вместо него в 1886-1892 гг. новый храм, в основном повторявший композицию прежнего, был уничтожен в советское время. Интересно, что именно в нем в 20-е годы хранился изъятый архив закрытой Казанской духовной академии и упраздненной Казанской духовной консистории.

Не пожалел XX век и других монастырских построек. Была уничтожена монастырская ограда с главными воротами, располагавшаяся вдоль спуска с площади перед Кремлем. В 1895-1896 гг. по проекту архитектора П.М.Тюфилина был построен двухэтажный настоятельский корпус, сохранившийся до настоящего времени. Ныне здесь располагается официальная резиденция казанского архиерея.

В дореволюционные годы Иоанно-Предтеченский монастырь не был богатым и процветающим. После 1764 года он оказался за штатом, в XIX веке неоднократно ставился вопрос о его закрытии. Существование монастыря поддерживалось, в основном, пожертвованиями казанских купцов. Однако, именно бедность монастыря способствовала сохранению строений XVII века.

В 1800-1802 гг. настоятелем монастыря был выдающийся ученый китаевед архимандрит Иакинф (Бичурин) (1777-1853), а в 1835-1844 гг. — тоже китаевед, архимандрит Даниил (Сивиллов) (1798-1844), являвшийся, одновременно профессором Казанского университета.

Наибольший след в истории монастыря оставил архимандрит Экзакустодиан (Каменский), бывшый настоятелем в 1885-1909 гг. Он пользовался большим уважением верующих и сумел привлечь на строительство нового храма и настоятельского корпуса пожертвования купцов.

В 1918 году, после того, как епархиальное управление было изгнано из Кремля здесь находилась резиденция митрополита Кирилла (Смирнова), арестованного и сосланного в 1922 году.

С 1923 года в монастыре находилось епархиальное управление обновленцев.

В 1929 году монастырь был закрыт. В советское время на территории монастыря размещались жилые помещения, а также комитет по охране памятников.

Монастырь был восстановлен в 1992 году. Постепенно Казанской епархии был передан весь монастырский комплекс.

К настоящему времени восстановлен Введенский храм, колокольня, настоятельский и братский корпуса.

На территории Иоанно-Предтеченского монастыря, настоятелем которого является правящий архиерей, находится резиденция архиепископа.

В монастырской церкви в особой гробнице хранится главная святыня обители - частица мощей свт. Германа Казанского.