Монастырь был основан в конце XVI века и первоначально располагался в северо-западной части соборной площади Свияжска. Однако после сильных пожаров 1753 и 1759 гг. Иоанно-Предтеченский женский монастырь был переведен в помещения упраздненного в 1764 году мужского Троице-Сергиева монастыря, основанного в 1551 году.

------- Троицкая церковь -------

Среди сохранившихся монастырских строений наиболее древнее -Троицкая деревянная церковь, являющаяся древнейшим сохранившимся православным храмом на территории Татарстана. Храм построен в 1551 году одновременно с крепостью Свияжск. Хотя храм неоднократно перестраивался в XIX веке, получив, например, вместо шатрового луковичное завершение, однако основные черты он сохранил. В Троицкой церкви до наших дней дошли деревянные скульптурные изображения Спасителя, апостолов и т.д., более характерные для русского севера, чем для Поволжья.

------- Сергиевская церковь -------

Церковь во имя преподобного Сергия Радонежского была устроена на втором этаже трапезной монастыря, построенной в 1604 году. Главной святыней храма являлась чудотворная икона преподобного Сергия Радонежского. Икона была принесена в Свияжск в 1551 году. Ныне она хранится в Казани в церкви Ярославских чудотворцев.

------- В честь иконы Божией Матери Всех скорбящих Радость собор -------

Собор построен в 1898-1906 гг. по проекту архитектора Ф.Д.Малинов­ского. Приделы были освящены во имя преподобного Серафима Саров­ского и Пророчицы Анны. Это крупный четырехстолпный крестовокупольный храм, выстроенный в неовизантийском стиле с элемента­ми эклектики. Роспись собора была осуществлена в 1914 году на средства московского фабриканта Сергея Семеновича Мечникова. В настоящее время собор восстанавливается трудами игумена Кирилла (Коровина) и монастырской братии.

------- Царственных Страстотерпцев часовня -------

Кирпичная часовня построена в 1897 году (1901-?) в северо-восточном углу ограды монастыря.

В 2004 отремонтирована и освящена во имя Николая и Александры, Царственных Страстотерпцев.