Город Томск основан в 1604 г., а уже в 1634 г. существовал монастырь при устье р. Киргизки, впадающей в р. Томь, на правом берегу и назывался Усть-Киргизским. В 1656—1662 гг. перенесен на теперешнее место по случаю частых набегов киргиз и калмыков. В это время упоминается строитель Ефрем. В 1835 г. при архим. Иоанникие монастырь был окружен каменной стеной с 3 воротами и 4 башнями, выстроенной на сборные деньги.

С 1764 г. - 3-го класса необщежительный мужской монастырь.

Храм один каменный: в честь Казанской иконы Божией Матери (освящен в 1789 г.) с двумя приделами: во имя свв. Флора и Лавра и во имя св. Алексия, человека Божия (освящены в 1779 г.). На монастырском кладбище погребен старец Феодор Томский († 20 янв./2 февр. 1864 г.).

В 1984 г. св. прав, старец Феодор Томский (Кузьмич) прославлен в соборе Сибирских святых. Его честные мощи обретены в 1995 г. и в настоящее время открыто почивают в раке в Казанском храме обители.

Храм в честь Казанской иконы Божией Матери был построен в первой половине XVII века. Он был деревянным, многократно горел, разбирался по ветхости, но заново отстраивался. Нынешний каменный храм был построен в 1789 году. Главный придел освящен в честь явления иконы Божией Матери во граде Казани, южный придел - во имя преподобного Алексия человека Божия, а северный - во имя святых мучеников Флора и Лавра. В 1922 году монастырь перестал существовать, но при Казанском храме по-прежнему была община верующих. Закрыли церковь в 1929 году. Вначале 1990-х годов началось возрождение монастыря. В 1992 году верующим был возвращен Казанский храм и келейный корпус. В Пасхальную ночь состоялось первое богослужение во вновь освященном Казанском храме.

Главной святыней Казанского храма является резная рака с честными мощами святого Феодора Томского. Почитание святого старца, возникшее еще при его жизни, не прекращалась и после его блаженной кончины. В Томске совершались многочисленные исцеления больных, которые посещали могилу старца и обращались к святому Феодору с теплой молитвой. И в наши дни не иссякает благодатная помощь по молитвам святого угодника Божия. Особенно явно она проявляется от его святых мощей, почивающих в Казанском храме. В обители ведется специальная тетрадь для записи случаев благодатной, помощи предстательством Томского чудотворца. Каждый воскресный день в 17.30 в храме совершается Акафист святому Феодору, во время которого открывается рака с мощами святого. Каждый верующий при этом - помазывается освященным маслом из лампады, горящей перед гробницей святого Феодора.