Первое упоминание о церкви в Ельцино относится к 1646 году "церковь Воскресение Христово в селе Ельцыне в Малом Рожку, дани два алтына две деньги, десятильничьих и заезда гривна". 1667 году в книге указано, что при Воскресенской церкви были приделы Успения Пресвятой Богородицы и Николая Чудотворца.

В 1713 году местным вотчинником, боярином и князем Петром Ивановичем Хованским, построена новая деревянная церковь, которая освящена во имя Празднования Успения Пресвятой Богородицы, освятить церковь было поручено игумену Волосова монастыря Николаю.

Каменная церковь Успения Пресвятой Богородицы в Ельцыно построена на средства помещиков И. Н. Римского-Корсакова и графини Е. П. Строгановой в 1813-1819 годах. Храм не отапливался. Отдельно стоящая колокольня возможно построена в те же годы.

В советское время (вероятно до 1940 года) церковь закрыли. Венчание разрушено. Здание храма использовалось под склад.

В 2000-х годах возвращена церкви, не действует.