Церковь Григория Богослова в бывшем митрополичьем саду построена в 1679 году. В XVI веке на месте этого храма находились палаты Григорьевского монастыря, упраздненного в XVII веке при строительстве нового Архиерейского двора. Новая церковь построена точно на старом фундаменте.

В 1730 году сильно пострадала во время пожара, сгорел иконостас. В 1740-х годах при архиепископе Арсении Мацеевиче интерьер Григорьевской церкви оформлен плафонной клеевой живописью и лепниной.

В 1884 году интерьер церкви Григория Богослова поновлен артелью Н. М. Сафонова. Реставрация проходила под наблюдением Московского Археологического Общества на средства крестьянина Ивана Алексеевича Рублева.

В 1880-х годах соорудили новый иконостас, украшенный плоской позолоченной резьбой на красном фоне. Царские двери для иконостаса были сделаны ростовским резчиком Никольским. Все иконы 5-ярусного иконостаса Григорьевской церкви выполнены мастерами сафоновской артели в 1880-х годах.