По предположению историков, место, где находится Холковский подземный монастырь, посетили князь Игорь Святославич и его брат Всеволод, когда пришли сюда из Новгород-Северского и Трубчевска и после встречи в мае 1185 года отправились по изюмскому шляху вдоль реки Оскол на юг к половецким кочевьям.

Более всего это место известно подземными храмом и пещерами, выдолбленными в меловом холме. В 1649 году здесь иноком Геласием был основан Холков-Царев-Никольский (позднее Троицкий) мужской подземный монастырь.

В 1764 году по приказу императрицы Екатерины II монастырь бвл упразднен, а подземный храм использовался для богослужений в зимнее время местными жителями, т.к. в пещерах в любое время года сохраняется постоянная температура (10 градусов тепла). Летом богослужения совершались в сельской кладбищенской церкви.

Помимо пещер, в которых располагался монастырь, в холме имелась еще одна - вырытая жителем села Холки Никитой Бычковым. В течение 30 лет - с 1890 по1920 гг. долбил он холм, пытаясь соединиться с подземным монастырем, вход в который к тому времени был засыпан и затерян. Однако сделать это ему не удалось - смерть застала его на 98 метре. До соединения с храмом оставалось 40 метров.

В 1990 году пещеры были частично отреставрированы и открыты как музей. С 19 ноября 1995 года в подземном храме начали совершаться богослужения. В конце 90-х годов построены храм Донской иконы Пресвятой Богородицы (фото слева), надвратный храм во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских (фото справа) и колокольня.

В декабре 1999 года в монастыре появились первые насельники.