Мужской монастырь Новомучеников Российских основан на месте, где в ночь на 18 июля 1918 года были живыми сброшены в шахту Великая Княгиня Елизавета Феодоровна Романова, инокиня Варвара, Великий Князь Сергий Михайлович, князья Императорской крови: Иоанн, Константин и Игорь Константиновичи, Князь Владимир Палей, р. Б. Феодор Ремез.

В конце 80-х годов XX века вновь после 1918 г. было установлено местонахождение Шахты, где приняли мученическую кончину св. прпмцц. Елисавета и инокиня Варвара, члены семьи Дома Романовых. На святом месте в 1991 г. был установлен Поклонный крест.

В год прославления святых мучениц Елисаветы и Варвары в России, в 1992 г. рядом с шахтой построена часовня во имя святой преподобномученицы Елисаветы, в ней 18 июля 1992 г. была отслужена первая Божественная Литургия под предстоятельством архиепископа Мелхиседека Свердловского и Курганского, в те годы возглавлявшего епархию.

22 февраля 1995 года Священный Синод принял решение об установлении мужского монастыря в честь Новомучеников Российских. Строителем монастыря был назначен тогда еще иеромонах, а ныне игумен Моисей (Пилатс).

Игумен Моисей ходатайствовал перед районными властями о выделении земельного участка для монастырских угодий. Было выделено 32 гектара земель, поселились первые монахи, послушники и трудники, стали возделываться земли. 6 июля 1996 года был официально заложен первый камень под строительство монастырского храма. Освящение закладки фундамента было совершено при участии епископа Екатеринбургского и Верхотурского Никона. Первая Божественная Литургия в еще недостроенном храме была отслужена 6 июля 1998 г., а 4 ноября 2000 г., в день празднования Казанской иконы Божией Матери служили первую Литургию в отстроенном храме. 18 июля 2001 г. храм был освящен в память всех Новомучеников Российских Высокопреосвященнейшим Викентием, Архиепископом Екатеринбургским и Верхотурским.

Сегодня монастырский комплекс включает в себя: Памятный Крест над шахтой, где произошло злодеяние, 4-этажное кирпичное здание (с храмом, алтарь которого освящен во имя Новомучеников Российских и совмещенный с ним Братский корпус), Часовню во имя св. прпмц. Вел. Кн. Елисаветы, входные врата (двое) и хозяйственные постройки.

Монастырь проводит миссионерскую деятельность в г. Алапаевске и прилегающем к нему районе. Во многих деревнях и поселках возрождены и вновь созданы приходы. Братия монастыря осуществляют хозяйственную деятельность, обеспечивая продуктами себя и, по возможности, помогая малоуимущим людям.

В монастырском храме пребывают привезенные из Иерусалима частицы нетленных мощей святых преподобномучениц Великой княгини Елисаветы Феодоровны и инокини Варвары.

23 сентября 2000 года монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II , обращаясь к собравшимся он сказал: "Слава Богу, что мы дожили до того времени, когда к нам возвращается историческая память, когда это место уже не забыто, когда сюда приходят люди и вспоминают о мученической кончине тех, кто страдал здесь. Мы должны подражать жизни святых угодников Божиих - преподобномучениц Елисаветы и Варвары, которые в жизни своей проявляли милосердие и любовь к ближним".