Вслед за Казанским собором на левом берегу реки возводится церковь Богоявления, более известная в народе как Никольская по одноименному приделу. В архивных документах, относящихся к XVII веку, деревянная Никольская церковь упоминается уже в 1653 году. Разрешение на сооружение существующего храма было дано в 1710 году. Строительство продлилось 15 лет, и в 1717 году был освящен Никольский придел, а сам храм - лишь в 1725 году. В первой половине XIX века с целью расширения была пристроена трапезная, а в конце века с запада к ней пристроена ризница и библиотека.

В 30-е годы храм был обезглавлен, сломаны апсиды, колокольня, ограда, а в 80-е годы нашего века все это было восстановлено по проекту архитектора А.П.Чернова.

Церковь имеет исключительно важное значение в застройке левобережной части города. К завершающемуся традиционным пятиглавием четверику с востока примыкает трехчастная апсида, а с запада прямоугольная трапезная и стройная шатровая колокольня. К последней при перестройке трапезной был пристроен шестиколонный портик.

Высокий односветный четверик перекрыт глухим четырехлотковым сомкнутым сводом с уплощенной шелыгой. Скромное фасадное убранство четверика, выраженное в архитектурных формах XVII века, представлено наличниками окон, обрамлением портальных входов, сложным профилированным карнизом и большими полуциркульными декоративными закомарами с росписью, венчающими фасады. На углах - традиционные лопатки. Луковичные чешуйчатые главы покоятся на глухих гладких барабанах, единственным украшением которых является карниз. По периметру кровли четверика помещен ажурный подзор - прекрасный образец декоративно-прикладного искусства.
Просторная трапезная, служившая зимним храмом, имеет двухстолпную конструкцию интерьера и перекрыта системой коробовых сводов. Фасады трапезной выполнены в стиле строгого классицизма: северная и южная стены в своей центральной части оформлены приставными четырехколонными портиками.

Достоверно воссозданная шатровая колокольня выполнена, как и храм, в традициях XVII века. Она отличается стройностью и сдержанностью декоративного оформления, выполненного из тесаного кирпича. Глухой с декоративными балясинами парапет яруса звона, кокошники из поребрика на гранях шатра, традиционные слухи - вот все ее просте и выразительное украшение.

Территория Никольской церкви обнесена оградой с ажурными кованными решетками изящного рисунка.

В интерьере четверика сохранились росписи. О времени их создания и поновлении рассказано в летописи, помещенной на внутренних откосах дверей четверика. Исполнены они были за два летних периода 1768-1769 годов большой группой ярославских художников во главе с Афанасием и Иваном Андреевыми Шустовыми. В росписи стен принимали участие: Стефан Андреев Столяров, Андрей Денисов Холщевников, Устин Никифоров Кружевников, Федор Петров Басалаев, Андрей Осипов Сапожников, Федор Андреев Мясников, Николай Афанасьев Гребеньщиков, Михаил Демидов Попов, Петр Алексеев Звонарев.