Церковь построена в 1874-1890 годах в память окончания Кавказской войны. 24 сентября 1891 года церковь освящена.

В 1934 году церковь закрыли. Разрушено завершение храма и колокольни. Здание храма передали Сочинскому курортному управлению для устройства склада.

2 ноября 1943 года храм возвращён верующим, богослужения в храме возобновились. Восстановлен купол с крестом и шатёр колокольни.

После реставрации в 1992-1994 годах по проекту сочинского архитектора Ф.И. Афуксениди, Михайловскому храму возвращён первоначальный архитектурный вид.

19 декабря 1995 года епископ Майкопский и Армавирский Филарет (Карагодин) заложил около храма крестильную Иверскую церковь. 12 мая 2008 года церковь освящена митрополитом Екатеринодарским и Кубанским Исидором (Кириченко).

В 2007–2008 годах проведена реставрация Михайловского храма. В 2008 году построена и освящена 21 ноября 2008 года водосвятная часовня Иконы Божией Матери Живоносный Источник.