Вместо прежней каменной церкви 1759 года, построена новая каменная церковь в 1854-1867 годах по проекту архитектора А.А.Тона на средства прихожан.

Закрыта церковь в начале 1930-х годах. Здание использовалась как зернохранилище, затем как склад. В 1960-х годах сломаны завершения и колокольня.

В 1997 году церковь Покрова Пресвятой Богородицы в Ельце возвращена верующим.