Православную церковь в Кедайняй литовский князь Януш Радзивил приказал построить еще в далеком 1643 году, для своей жены
исповедовавшей православие Марии Могилянки, «племянницы митрополита Петра Могилы».

В 1861 году осуществлён план перестройки каменного дома, графа Эмерика Гуттен-Чапского, на гербе которого было начертано:
«Жизнь – Отечеству, честь – никому», в приходскую православную церковь, освященную во имя Преображения Господня. После
пожара 1893 года протоиереем Иоанном Кронштадским было пожертвовано на востановление храма 1.700 руб. и, сверх этого, о. Иоанном были
заказаны на Гатчинском заводе для Кедайняйской церкви 4 колокола, которые и сегодня возвещают о начале богослужений.

Прихожане горды
тем, что председателем попечительского совета церкви в период с 1896 по 1901 год, был Ковенский предводителъ дворянства,
камергер двора их императорских величеств, председатель Совета Министров и министр внутренних дел России Петр Аркадьевич
Столыпин.

В этот храм в 1865 году пришел 22-х летний священник Антоний Николаевич Лихачевский и прослужил в нем 63 года, до самой
своей смерти в 1928 году, в возрасте 85 лет.

С 1989 года и по настоящее время протоиерей прихода о. Николай Мурашов, подробно рассказавший о истории храма.

В конце ХIХ века в церкви произошел большой пожар, большую помощь по восстановлению ее оказал Столыпин. В настоящее время большую помощь храму оказывает уроженец Архангельской области, а ныне депутат сейма Литвы Виктор Успасских.