Постр. при Патриархе Никоне в 1652—56 (арх. Д.Охлебинин, А.Константинов, А.Макеев; перестр. в 1680-81, в XVIII-XIX вв.), на втором этаже Патриаршего дома как домовый храм московских Патриархов. С вост. стороны примыкает к палатам Патриаршего (в XVIII—XX вв. — Синодального) двора. Осв. во имя апостола Филиппа. В 1681 пе-реосв. во имя Двенадцати апостолов, а на третьем этаже Патриаршего дома при кельях Патриарха устр. домовый храм во имя апостола Филиппа.

5-главый, четырехстолпный, крестово-купольный в плане, на высоком подклете, прорезанном двумя аркадами для проезда с Соборной пл. на внутренний Патриарший двор. На сев. фасаде — высокое двухъярусное крыльцо, декорированное изразцами. Собор украшен двумя рядами аркатурно-коленчатых поясков, включающих его в один ансамбль с Успенским собором. Резной деревянный иконостас конца XVII в. с иконами XVII—XVIII вв. перенесен в 1929 из разрушенного собора кремлевского Вознесенского м. Сохранились фрагменты настенных росписей конца XVII в.

Главный престол — Собора Двунадесяти апостолов, придел — апостола Филиппа.

В отличие от др. соборов Кремля, где служило белое духовенство, в нем служило духовенство черное, монашествующее.

С сев. стороны галереей соединен с Патриаршими палатами в Патриаршем дворе. В Крестовой палате Патриаршего двора со второй пол. XVIII в. находилась мироварня. Зал Крестовой палаты (14x20 м) перекрыт единым сводом без промежуточных опор, что было выдающимся техническим новшеством.

В 1918 закрыт. В 1917 собор и храм апостола Филиппа сильно пострадали во время артиллерийского обстрела Кремля — разбито большое Святое Распятие, Патриаршая ризница превращена в груду мусора, пострадало Евангелие XII в. (1115). Был включен в состав Музеев Московского
Кремля. Второй этаж Патриаршего дома, включая собор, Трапезную, Крестовую и др. палаты заняла экспозиция кремлевского Музея прикладного искусства и быта России XVII в. Начиная с 1920-х проводилась реставрация.

В начале 1990-х передан РПЦ.