Церковь построена в 1732—35 купцом Андреем Семеновым рядом с одноименным деревянным храмом (coopужённым в 1698 по указанию Петра I, сгорел в 1736).

По имени храма получили название Большой и Малый Девятинские переулок. Придел архангела Михаила освящен в сентябре 1736, главный престол девяти мучеников Кинических— в 1738. В 1838 построена новая трапезная с приделом мученицы Варвары, в 1844 — колокольня. В народе назывался храм «на Патриаршей слободе на кочерыжках», поскольку находился в Патриаршей слободе патриаршего Новинского монастыря с огромным хозяйством.

В 1922 властями изъяты ценности (свыше 9 пудов золотых и серебряных церковных украшений и утвари).



В 1929 закрыт, разделен на этажи. В храме размещались административные учреждения, склады.

В 1976—79 проведена внешняя реставрация.

В 1992 возвращен РПЦ. В 1994 разобраны внутренние переборки и возобновлены
богослужения в приделе великомученицы Варвары, с июля 1997 — в главном престоле девяти мучеников Кизических.

Святыня — икона Божией Матери «Неупиваемая чаша». Работает воскресная школа для детей. Оказывается регулярная помощь заключенным.