Усадьба Кишкино-Пустое (Богородское тож) начала строиться в конце XVIII в., когда селом владела Н.А.Ольцева. В 1780 г. возведена церковь Казанской иконы Божией матери с приделом апостола Иоанна Богослова. Строительство в усадьбе продолжалось до середины XIX в., когда она была во владении Н.А. Кавецкой.

В советское время храм был закрыт. Иконы переданы в музей древнерусского искусства им. Андрея Рублёва. От усадьбы сохранились дом с флигелями, церковь, каскадные пруды и липовый парк. Настоятель, протоиерей Пётр Любимов (род. 1867) был арестован и расстрелян 14.03.1938 г. на Бутовском полигоне.

Юбилейный Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 2000 г. прославил о. Петра Любимова в сонме новомучеников Российских.

Церковь возвращена верующим.