Храма в Щербинке никогда не существовало, однако всегда были люди, которые хотели, чтобы в городе появилась церковь. В октябре 1992 г. зарегистрировалась община. Она добилась отвода пристанционного пустыря под строительство первого православного храма во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы.

18 июля 1993 г. в день 75-летия мученической кончины великой княгини Елисаветы состоялась торжественная закладка храма. Специально к этому дню был доставлен из Алапаевска, с места убиения святой, камень. Его и положили в основание новой церкви. На месте закладки воздвигнут большой деревянный крест. В пасхальные дни 1995 г. начались богослужения в маленьком бревенчатом храме-часовне, построенном силами прихожан.

Дважды храм горел. Во время последнего пожара в 1996 г. от здания ничего не осталось.

В 1997 г. строительство начал подольский Троицкий собор, чьим подворьем стал Елизаветинский храм. 17 мая 1998 г. над строящимся каменным храмом во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы был водружен крест. В трудное время храм поддержала администрация Щербинки и предприятия города.

15 сентября 2001 г. в день 25-летия Щербинки архиепископ Можайский Григорий совершил великое освящение храма.

Из почитаемых святынь имеются частицы гробов преподобномучениц великой княгини Елисаветы и инокини Варвары, а также частицы мощей преподобных Оптинских старцев.