Храм Иоанна Предтечи находится за пределами монастыря и стоит над ключом, бьющим из-под горы. В начале это была небольшая церковь, которую освятили в 1752 году. В 1821 году храм был полностью разобран. И на его месте началось строительство нового здания. Деньги на строительство пожертвовал астраханский рыбопромышленник Фёдоров, который посетил Саровскую пустынь в 1820 году и получил в ней исцеление. По его желанию в церкви было 3 престола: главный, в честь усекновения главы Иоанна Предтечи, и 2 дополнительных, посвящённых апостолам. Нижняя часть храма, где находился источник, была застеклена. В монастырские времена от источника был проведён водопровод, который снабжал водой весь монастырь.
В 1940-1950 годах был снесён купол церкви и здание превращено в гостиницу, а затем в нем располагался один из отделов ВНИИЭФ. В 1998 году здание храма Иоанна Предтечи было передано церкви и там возобновились богослужения. Действующей была только нижняя часть храма, где был установлен простой деревянный иконостас с бумажными иконами. Здание тогда требовало ремонта, с потолка осыпалась штукатурка. Во время больших праздников была страшная теснота. Тогда верующие люди не могли даже предполагать, что храм Иоанна Предтечи будет восстановлен в своём первозданном виде, с пятью главами, с великолепным иконостасом и росписями, с купальней в нижней части храма. И все же храм был восстановлен в 2006 году к 300-летию основания.