Руководство Алтае-Саянской геодезической сейсмологической экспедиции охотно пошло навстречу общине – передали под устройство храма соседнее здание, которое было почти разрушено и готовилось ко списанию. Горячее желание прихожан, дружная работа буквально от зари до зари, усердная молитва сотворили чудо. Своими силами внутреннее помещение храма очистили от перегородок и произвели первичный ремонт: подновили крышу и стены, сделали пол, побелили, покрасили. Здание удачно было расположено длинной своей осью на восток, поэтому не было проблем с сооружением алтарной части храма.

В день Усекновения Главы Предтечи и Пророка Иоанна, 11 сентября 1998 г. состоялось освящение храма.

В воскресение 13 сентября 1998 г., в канун Церковного Новолетия была отслужена первая Божественная Литургия.

Храм строился силами и на средства прихожан и благотворителей.

Достаточно быстро были сооружены трапезная и двухэтажная пристройка к основному зданию, на первом этаже которой расположился класс для занятий (впоследствии он был перестроен в иконную лавочку и бухгалтерию), а на втором этаже - второй класс и библиотека. Радостным событием стало установление над пристройкой высокой колокольни, увенчанной красивым ажурным Крестом с царским венцом. Устанавливали её 22 октября 2000 г., как раз в тот момент, когда мимо храма проезжала колонна, провожавшая в последний путь епископа Сергия. За несколько дней до кончины Владыка Сергий неожиданно посетил вечернее богослужение в Никольском храме и сказал, что приехал поддержать Свято-Никольский приход в трудную время становления. Через несколько дней Владыки Сергия не стало. Когда погребальная процессия проезжала мимо храма во время установки колокольни, это было как бы его последним благословением Свято-Никольскому храму и его прихожанам.

В 2002 г. была большая перестройка храма. Необходимо было ремонтировать или заменять старые стены здания, которое уже было выстроено и в высоту. Решение было совершенно неожиданным для многих. В сентябре, когда уже начались дожди и холодные осенние ночи, была полностью выпилена стена первого этажа со стороны Зоологической улицы. Здание приобрело очень странный вид: выстроены колокольня, второй этаж, а затем решили перестраивать первый этаж и подводить фундамент под стены. Богослужения не прерывались ни на один день. Место, где должна быть стена, было закрыто занавесью из мешковины. Прихожане трудились усердно, и в две недели был подведён фундамент, выстроена новая стена. Все реже вспоминалась низенькая избушка, в которую впервые зашли о. Анатолий с несколькими будущими прихожанами.

Одновременно с перестройкой здания шли работы по возведению основного купола. Были разработаны рисунки крестов, подобные тем, которые возводились на русских церквях в домонгольские времена. 16 января 2003 года, перед праздником Крещения Господня, были освящены и установлены кресты на всех пяти главках храма. 25 сентября 2003 г., в канун праздника Воздвижения Честнаго и Животворящаго Креста Господня над Царским приделом воздвигнута главка и вознесен Крест. И наконец-то здание приобрело вид традиционного русского храма. Его кресты стали видны отовсюду. Летом 2009 г. на главном и северном входе на территорию храма были установлены главки и кресты.

Таинство Святого Крещения сразу стало совершаться полным погружением. Сначала купелью служила деревянная разборная конструкция, которая выстилалась плотным полиэтиленом. А уже через год с небольшим началось строительство стационарной купели. Эту купель строил Леонид Евгеньевич Ступаков. И 19 января 2000 г. в праздник Крещения Господня была освящена первая стационарная крестильня. Находилась она на месте первого входа-пристройки в храм. Теперь там расположен алтарь придела в часть Царственных страстотерпцев.

С первых богослужений в храме прихожане испытывали необходимость колокольного звона. Но приход был молод, средств на приобретение колоколов не было. Поэтому первыми колоколами в Никольском храме стали… газовые баллоны. В 2003 году Новосибирский Опытный завод цветного литья под руководством директора Кузнецова Виктора Анатольевича благотворительно отлил для Храма восемь колоколов, каждый из которых имеет свое имя. Самый большой освящен во имя святителя Николая Чудотворца; на нем отлита икона святителя. Остальные 7 колоколов разных размеров, от большого до маленького, посвящены святому Царю-мученику Николаю и членам Его Семьи.