Основан в начале XVI в. Сохранившиеся постройки относятся к XVII-XVIII вв.

Древняя Молченская, или Софрониева, пустынь была образована после явления иконы в 1405 г. на болоте Молч. Уже в начале XVI века в Путивле находилось подворье Молченской пустыни. В 1593-1598 гг. это подворье обращается в самостоятельный Путивльский Молченский монастырь.

В XVI в. Путивль приобретает важное значение как главная пограничная крепость Русского государства на юго-западных рубежах. Строятся оборонительные сооружения, в том числе на юго-восточной окраине города самое мощное укрепление - каменный монастырь с четырехугольной надвратной, круглыми угловыми башнями и собором Пресвятой Богородицы.
Молченская пустынь была разграблена польской шляхтой во главе с самозванцем, и игумен Пафнутий с оставшейся малочисленной братией переходит в Путивльский монастырь. Сама пустынь и все владения были приписаны к монастырю. Все оставшиеся святыни были перенесены в Путивльский монастырь. Самая большая святыня - Молченская икона Пресвятой Богородицы. Путивльский монастырь стал называться Большим Молченским и слыл еще монастырем Белой Богородицы от выбеленной каменной церкви. В последующее время монастырь получает от царской семьи по жалованным грамотам вотчины, угодья, крепостных. Постройки Молченского монастыря поражали видевших их своей пышностью и великолепием. В XVII в. была возведена двухярусная колокольня. В 20-е годы XVIII в. были построены настоятельские покои и братский корпус. В 60-е годы XIX в. началось строительство храма Рождества святого Иоанна Предтечи в русско-византийском стиле, трапезной, келейного корпуса.

В 1920-е гг. в монастыре был пожар. В огне погибла обширная библиотека и прекрасной работы иконостас. В последующие богоборческие годы монастырь был упразднен. Храмы, братские корпуса, хозяйственные здания использовались под ремесленное училище, детский дом, склады.
В 1992 г. началось духовное возрождение монастыря как мужской обители. В 1997 г. монастырь был преобразован в женский.
В данное время ведутся восстановительные работы храма, сестрического корпуса, подсобных помещений. В храме монастыря ведутся ежедневные богослужения.