История Свято-Николаевского Шаргородского монастыря начинается в XVII столетии, когда он находился еще не в самом Шаргороде, а в Калиновке - небольшом селе близ него. Но монастырь этот просуществовал недолго. Во время войн, которые бурлили тогда на этих территориях, монастырь растерял свои документы и прекратил существования до 1718 года, когда был восстановлен шаргородским властителем Александром Конецпольским. Этот хозяин наделил монастырь землей и поселил здесь монахов из униатского ордена базилиан.

В 1747 году монастырь был перенесен из Калиновки в Шаргород паном Станиславом Любомирским, который дал обители церковь Иоанна Крестителя и каменный дом, где монахи устроили школу. Эта школа была известной по всей Подолии. В ее стенах училось иногда до 600 учеников.

После присоединения к России монастырь стал православным, а вместо школы здесь устроили духовную семинарию, а со временем - духовное училище. С 1861 года монастырь управлялся архимандритами. Монастырь имеет три храма. Главный соборный храм в честь святителя Николая расположен посреди монастырского двора. Освящен в 1829 году и был достроен по образцу Александро-Невского собора в Петербурге. Вторая теплая церковь в честь Архистратига Михаила перестроена из трапезы в 1874 году. Третья - в честь Казанской иконы Божией Матери находится внутри главного монастырского корпуса.

В ХХ веке, в годы советской власти монастырь был закрыт и превращен сначала в музей, а потом использовался как хозяйственное помещение.

В 1992 году был передан Украинской Православной Церкви и действовал сначала как приходской храм. А с 1996 года здесь началось возрождение монашеской жизни. В юбилейном 2000 году от Рождества Христова состоялось знаменательное событие в истории обители. 22 мая, на престольный праздник святителя Николая, монахи из Свято-Успенской Почаевской Лавры привезли в Шаргород копию чудотворной Почаевской иконы Божией Матери, которая стала чтимой святыней в монастыре. Сегодня монастырь возрождается трудами и молитвами наместника игумена Киприана (Корпанюка). Ежедневно проводятся богослужения.