Деревянная клетская церковь существовала на этом месте с XVI веке, называлась церковью Богоявления "что на государевом дворе". В 1760 году она была заменена новой, тоже деревянной.

у стен монастыря в 1742 году построен существующий каменный храмо. Первоначально он был освящен во имя Захария и Елизаветы.

В 1790 году вместо деревянного храма к каменному был пристроен придел. Каменный храм затем был переименован в Преображенский, а придел Захария и Елизаветы в 1804 году был устроен в трапезной слева. Правый придел освящен во имя Богоявления Господня.

В советское время церковь была закрыта, колокольня разобрана, в здании размещались реставрационные мастерские.

Возвращена верующим.