Построена в 1761-1767 годах вместо прежде церкви Власия что на Рву на средства прихожан и пожертвования. Тёплый придел Иоанна Предтечи и священномученика Власия (1762 года). В советские годы церковь не закрывалась.

В 1760-х годы интерьер Толгской церкви был украшен фресковой росписью, заново переписанной маслом в конце XIX века. От первоначальной живописи сохранился небольшой фрагмент «Вознесение Иоанна Милостивого» на арке, разделяющей главный храм и трапезу (под иконой «Покрова Богоматери»). В центре сомкнутого свода «Саваоф», парящий на херувимах. На своде - «Распятие», «Снятие со креста», «Поцелуй Иуды», «Положение во гроб». Написанная в манере сухого официального академизма, роспись размещена на стенах в два яруса в виде небольших панно, обрамленных плетеночным орнаментом. Среди сюжетов - изображения ростовских свв.: Леонтия и Иакова в круглых медальонах; Димитрия и юродивого Иоанна Милостивого. На своде трапезы «Явление иконы Богоматери Иоанну Милостивому», «Кончина Иоанна Милостивого», «Рождество Иоанна Предтечи». В северном приделе на своде «Богоявление» и «Сретение», а на стенах - «Ростовские чудотворцы».

Четырёхярусный золоченый иконостас храма сооружен в середине XIX веке. Он украшен витыми колоннами, виноградными гроздьями и увенчан небольшим скромным крестом. Иконы написаны в 1770 году художником Харковым. Среди икон местного яруса некоторые древнего письма: «Параскева Пятница» XVI века, «Богоматерь Толгская» и «Избранные святые» XVII века. В главном храме сохранились древние иконы в отдельно стоящих резных киотах: «Никола» (поясной), «Ростовские чудотворцы», «Не рыдай мене мати», «Покров» XVII века.

У северной стены находится серебряная рака XVIII века с мощами Иоанна Милостивого, ростовского чудотворца (ум. 1580). Она украшена барочными клеймами со сценами жития святого, исполненными в технике литья, гравировки и чеканки. Над ракой небольшая, вытянутая по горизонтали икона «Иоанн Милостивый» XVIII века, написанная в иконных традициях. В среднике иконы Иоанн изображен в рубище с посохом и свитком, слева и справа сцены из его жития, а вверху деисус с 20 фигурами предстоящих к трону Христа ростовских и ярославских святых. Над ракой резная деревянная сень, украшенная витыми колоннами, волютами и вензелем «И» «М» (XVIII век).