Монастырь основан в конце 16 - начале 17 века.. Основательницами монастыря, по разным источникам, считают М. Ф. Нагая или К. И. Шестова. Находился в юго-западной части кремля. В 1609 году разорён поляками, восстановлен в 1620-х года. С 1661 годах расположен на нынешнем месте. С 1764 года статус третьеклассного.

В 1930 (?) году монастырь закрыли.

С 2003 года начало передачи храмов церкви. С 2010 года возрождён монастырь.

-------------------------------

Церковь Иконы Божией Матери Феодоровская построена в Богоявленском Угличском монастыре в 1805-1818 годах. Строительство началось 21 мая 1805 года при игуменье Маргарите, завершилось в 1818 году при игуменье Августе (Чепчуговой). В 1836-1839 годах при игуменье Еликониде (Муратовой) пристроена трёхъярусная колокольня. Колокольня четырехгранная с арочными проемами и колоннами, нижний ярус равен по высоте объему церкви и повторял оформление церкви. Высота колокольни 64 метров. В нижнем ярусе размещалась монастырская библиотека.

После закрытия монастыря, в 1930-х годах, колокольня разрушена. В 1980-х годах церковь отреставрирована.

Возвращена верующим в 2003 году. В 2010 году отреставрирована. Церковь является летним храмом монастыря. В 2016 году построена колокольня.

Богоявленский собор построен в в 1843-1853 годах, архитектор К. А. Тон. Приделы Толгской Божией Матери, Николая Чудотворца и Иоанна Милостивого. Под северной апсидой в подклете часовня Иконы Божией Матери "Недремлющее око". К храму примыкает паперть, над ней (на втором этаже) монастырская ризница.

После закрытия пострадало внутреннее убранство.

С конца 1980-х годов до 2007 года проходила реставрация фасадов, глав и кровель.

Домовая церковь Иконы Божией Матери Достойно Есть (Милующая) построена в 1886-1888 годах. Здание храма строилось как жилая башня в ограде монастырской стены на углу Петровской и Вознесенской улиц, во время строительства принято решение об устройстве церкви на 2-ом этаже. На нижнем этаже две кельи. Церковь соединялась переходом с небольшим келейным корпусом, вдоль ограды шёл переход к другим келейным корпусам.

В 1930-х годы и в 1954 году монастырские корпуса перестроены в жилые дома.

С 2016 года начато восстановление. 28 июля 2017 года церковь освящена. 7 февраля 2018 года на первом этаже освящена церковь Казанской иконы Божией Матери.

Смоленская церковь построена в 1689-1700 годах. Строили храм угличские мастера Артемий Птицынын, Иван Русинов, Иван Кисельников и другие. Церковь освящена в честь Богоявления Господня. В 1854 году храм переосвящен в честь Смоленской иконы Божией Матери. Храм пятиглавый, на подклете с двухсветной храмовой частью, алтарная апсида полукруглая, к трапезной с северной стороны примыкает придел Воздвиженский (до 1854 года Смоленский). К трапезной примыкает арочная двухъярусная галерея, над ней шатровая колокольня. На нижнем этаже два придела: апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного; Иоанна Милостивого и Димитрия Ростовского (1775 года), приделы упразднённые в 1804 году. В 19 веке разобрана колокольня, крыльцо заменено новым.

В сентябре 1925 года церковь закрыли. В 1970-1975 годах отреставрирована, восстановлено покрытие глав зелёной поливной черепицей.

В 2003 году церковь возвращена верующим. Церковь является зимним храмом монастыря.

Надкладезная часовня-сень построена в 2017 году.