Самым крупным, богатым и благоустроенным монастырем Северного Кавказа в ХIХ веке была Свято - Михайло - Афонская Закубанская общежитийная мужская пустынь, располагавшаяся на северном склоне Кавказских гор к юго - востоку от города Майкопа. В 1877 году из юртов станиц Даховской, Абадзехской, Царской, Баракаевской и посёлков Каменномостского и Севастопольского было выделено 350 десятин земли на склоне горы Физиабго для предоставления их в собственность православного монастыря. Строителем монастыря стал иеромонах Мартирий (Островый), выходец из Успенской келии греческого Котломужского монастыря. Строительство Михайло-Афонской пустыни велось за счёт добровольных пожертвований.

В 1883 году иеромонах Мартирий (Островый) Священным Синодом возведён в сан архимандрита. В это время обитель населяли 180 человек, в том числе 12 иеромонахов, 3 иеродиакона и 165 послушников. Трудами монастырской братии были возведены 5 храмов: во имя Архистратига Михаила, во имя преподобного Александра, Успенский, Преображенский и Троицкий. Со всех сторон Российского государства стекались паломники, поклониться многочисленным Святыням Михайло-Афонской пустыни, среди которых - частица Животворящего Креста Господня.

В конце 90-х годов ХIХ века в Михайло-Афонской пустыни открыта церковноприходская школа, построен странноприимный дом. Основой монастырского хозяйства были многочисленные ремесленные мастерские, кирпичный и сыроваренный цеха. В монастырских мастерских ежегодно обучались мастерству боле 20 подростков. Праздных людей в монастыре не держали: вся братия, включая иеромонахов, готовила пищу, убирала сено, шила одежду и обувь, занималась скотоводством, пчеловодством, работала на нескольких монастырских заводах, воочию показав, что молитва и труд-основа всякого благополучия.

В последнюю четверть ХIХ века на Кавказе было воздвигнуто четыре Второафонские обители: Симона – Кананита на Чёрном море, Свято-Михайловская в Адыгее, Свято - Александровская в Зеленчуке и в городе Пятигорске. К 1917 году Михайловский монастырь принимал по 150 тысяч паломников в год, а в дни Великого Поста в обитель стекалось до пяти тысяч человек.

В1920 году у монастыря были конфискованы земли, сельскохозяйственный инвентарь, производственные помещения и оборудование.

В 1926 году на территории обители образован дом отдыха ГПУ.

В1927 году в монастыре разместилась коммуна «Владилен». Несмотря на это , монашеское служение в пустыни продолжалось.

В 1928 году монастырь окончательно закрыли. В 1944 году на территории обители располагается детская колония.

В 1946-47 годах Храмы монастыря взорваны ,слагавшие их камни использованы для бытового строительства.

В 1972 году остатки монастырских строений переданы Краснодарскому краевому совету по туризму и экскурсиям для организации турбазы «Романтика».

12 апреля 2001 года Указом Президента Республики Адыгея произведена передача части монастырских строений в ведение Русской Православной Церкви. В сентябре 2001 года Епископом Майкопским и Адыгейским Пантелеймоном настоятелем монастыря назначен иеромонах Мартирий (Пянтин). В начале насельников было немного: один иеромонах, один священноинок, иерей, иеродиакон и два послушника. Свято-Троицкий храм был в ужасном состоянии, но братия не давала себе времени для уныния и, засучив рукава, принялась за восстановление разрушенного и оскверненного монастыря. Был начат капитальный ремонт Троицкого храма, ремонт келейного корпуса, обзавелись хозяйством, автомобильным парком, огородом, садом, занялась расчисткой древних пещер, в которых молились иноки в XIХ-ХX веках, исповедуя Православие, благоустройством источника Святого Пантелеймона, устройством пасеки, налаживанием регулярных богослужений. Без преувеличения можно сказать, что вся Кубань молилась за скорейшее восстановление своей Казацкой Лавры. Потекли неиссякаемым ручьём различные пожертвования. Монастырю передали в безвозмездное пользование более 100 гектаров земли несельскохозяйственного назначения. Паломников и богомольцев в Михайловском монастыре любят, наверное также, как и до 1917 года. В среднем в год приезжает до 50 тысяч богомольцев, не считая туристов.

Сейчас настоятелем обители является игумен Герасим (Буняев). Сделано за последнее время немало: построена на горе Фавор святая купель у источника святого великомученика и целителя Пантелеймона, рядом строится новая, с мужским и женским отделением, закончен внутренней отделкой трапезный храм Пресвятой Троицы, вмещающий до 1000 богомольцев, бывшая контора турбазы переоборудована в настоятельский корпус, на местах алтарей бывших церквей поставлены поклонные кресты и часовня, перенесены святые мощи основоположника монастыря архимандрита Мартирия (Острового) и благоустроена его усыпальница. Трапезная переведена в просторное и уютное помещение, установлен купол со Святым Крестом над Троицким храмом и выложена плиткой паперть перед храмом. Сильно помогали все эти годы благотворители и жертвователи обители , без участия которых невозможно было бы справиться с проблемами после 80 лет разрухи и поругания. За всех жертвователей и благотворителей обители братия молится на ежедневных богослужениях, акафистах и молебнах.

Братия обители живёт и совершает богослужения в соответствии с Афонским строгим уставом. Недавно в станице «Сахрай» был основан монашеский скит для уединённых молитв. Он носит название «Скит святого Пророка и Предтечи Господня Иоанна Крестителя». У Михайловской пустыни есть также подворье в станице Хамышки, где построен храм во имя святых Гурия, Самона и Авива. Михайловский монастырь ныне – это нацеленная стрела из лука, - вся полностью устремлена в будущее. Планов очень много и дай Бог сил на их успешную реализацию во имя Господа Иисуса Христа.