Начальная история этого храма была связана с существованием в южной части Астрахани загородного архиерейского сада. Ещё с давних времён у астраханского митрополичьего дома был «за деревянным городом, за Калиточными воротами, идучи из тех ворот за город, на правой стороне огород». Астраханский митрополит Савватий, задумав перестроить Успенский собор и Троицкий монастырь в кремле, в 1693 году исхлопотал у царей Иоанна и Петра Алексеевичей для митрополичьего дома находящееся около того огорода пустопорожнее место под сарай для изготовления кирпича. Но с 1700 года на этом месте стали строиться домами московские стрельцы Симбирского полка и в скором времени образовали слободу, до самого архиерейского огорода. Это привело к тому, что на границе слободы и огорода была построена деревянная церковь в честь Пророка Ильи.
В официальных документах Ильинская церковь упоминается с 1702 года. Находилась она, скорее всего, на попечении архиерейского дома и в то же время выполняла роль приходского храма для живших рядом стрельцов. Но после подавления астраханского «свадебного» бунта 1705 – 1706 годов, в котором самую активную роль играли конные московские стрельцы, их за неблагонадёжность вывели из Астрахани в новоосвоенный С.-Петербург, чтобы они кровью на полях Северной войны смыли позор измены. Симбирская слобода запустела. Уже в ноябре 1707 года астраханский воевода П.М. Апраксин писал императору Петру I, что необходимо заселить бывшие стрелецкие дворы, в которых ныне никого нет, а иначе «те дворы сгниют». Император распорядился передать дворы солдатам, оставленным там для гарнизонной службы и раньше находившимся на походном положении «на постое» в жилых дворах. Большая часть из этих 3 000 солдат получили дворы в Земляном городе в Сьяновой, Симбирской и в других слободах. Но Симбирская слобода заселялась тяжело, так что прихожан у Ильинской церкви почти совсем не стало. К тому же в самих солдатских слободах уже имелись свои приходские храмы – Троицкий и Воскресенский.
Таким образом Ильинская церковь сделалась домовым архиерейским храмом при митрополичьем саде, который с этого времени стал называться Ильинским. Первоначальное местоположение храма сейчас определить довольно сложно – находился он где-то к югу от Симбирского бугра в районе Калиточных ворот Земляного города. Служили в нём приписные священники, и всё их содержание зависело от благоденствия Ильинского сада. Сад этот до поры до времени процветал: в нём были разведены обширные виноградники, рядом паслись табуны архиерейских лошадей, об этом говорит и то, что в 1732 году священник Ильинской церкви Дмитрий Лукин просит разрешения у Астраханского епископа Илариона на построение при Ильинском храме придела в честь Святых Мучеников Флора и Лавра, которые считаются покровителями коневодства. Придел этот был освящён 13 августа 1732 года Спасским архимандритом Мефодием.
В 1740 году через Ильинский сад был проведён земляной вал, причём в саду были повреждены многие деревья, а некоторые даже порублены. В самом саду была построена батарея, на которой поставлены пушки, а при них для охраны был поставлен солдатский караул. Все эти события привели к упадку Ильинского сада: «Виноградные кусты ломались солдатами, овощи расхищались», и, чтобы «оный сад туне опустошён не был» и от «дому архиерейского безденежно не отошёл», епископ Иларион вынужден был продать его. Сад был куплен в 1744 году персидским посланником Исмаил-Беком, а находившийся при нём двор с землёю под ним – содержателем астраханских и кизлярских шелковых заводов Иваном Макаровым. После этих событий Ильинская церковь была предназначена на слом, если бы жители располагавшейся рядом слободы не пожелали бы перенести ее к себе.
Слободка эта находилась на юго-восточной окраине Астрахани, за пределами Земляного города на бугре, который с трёх сторон окружала речка Криуша, а с востока – Кутум, отчего бугор этот больше походил на остров. Покрыт он был почти весь садами, которые здесь стали разводить астраханские жители с начала XVII века. Имелось на бугре и старое армянское кладбище, при котором позже была построена церковь Великомученицы Екатерины. Основным населением слободки было астраханское купечество, которое и пожелало иметь у себя приходской храм. Но так как разрешение на построение новой церкви в таком малонаселённом месте было невозможно, то и решено было выкупить бесприходный Ильинский храм и перенести его на бугор. Выкупил его и перенёс на новое место самый зажиточный житель слободки – купец Бирюков, которому помогали и другие её жители. Поставлен был храм на самом высоком месте бугра, у берега реки Кутума, отчего виден он был издалека, и особенно с противоположной стороны. С тех пор бугор этот стал прозыватся по имени храма – Ильинским.
29 апреля 1776 года церковный староста мещанин Василий Дмитриев обратился в Духовную Консисторию с просьбой выдать ему сборную книгу для исправления ветхостей в церкви и замены подгнившего фундамента. После значительной перестройки Ильинская церковь была заново освящёна архиепископом Антонием (Румовским) 16 июня 1785 года.
К концу первой четверти XIX века старая деревянная Ильинская церковь сильно обветшала и требовала капитального ремонта. Это побудило прихожанина храма коллежского асессора Дмитрия Ивановича Колмогорова, скончавшегося в 1831 году, в своём завещании оставить значительную сумму на строительство новой каменной Ильинской церкви. Душеприказчиком покойного были оставлены астраханский купец Иван Костромкин и господин Александров.
Их старанием в 1834 году и был выстроен новый тёплый храм, с колокольней в одной связи. Освящёна была Ильинская церковь 15 июня 1834 года Астраханским архиепископом Виталием (Жегачёвым).
В середине XIX века Ильинская церковь была расширена устройством двух боковых приделов: правого – в честь Святых Мучениц Веры, Надежды, Любви и Матери Их Софии, а левый – во имя Праведных Симеона Богоприимца и Анны Пророчицы. Приделы были устроены благодаря стараниям церковного старосты коллежского асессора Матфея Ивановича Будкова.
В 1898 году трапеза Ильинского храма была расширена старанием церковного старосты мещанина Льва Васильевича Злобина, пожертвовавшего на это дело 2 075 рублей.
Внешний и внутренний вид храма
Храм был построен в классическом стиле, так же как и двухъярусная колокольня, увенчанная длинным остроконечным шпилем. Пространство храма и трапезы имело общий объём прямоугольной формы. Храм был увенчан круглым барабаном в форме ротонды, имевшим по периметру шесть длинных и узких окон. Притвор храма имел форму классического портика, так же как и придельные алтари с северной и южной сторон, выстроенные как два ложные портика. Восточная стена алтаря имела незакруглённую прямоугольную форму. Внутри храм был расписан в 1834 году священными изображениями. При расширении трапезы в 1898 году новосооружённые стены были заново расписаны и старая роспись подновлена. Трёхъярусный иконостас, резной работы, вызолоченный на полимент, изготовлен был в 1834 году, а иконостасы боковых приделов устроены заново в 1897 году.
В 1923 году Ильинский храм был захвачен обновленцами. В 1933 году он был закрыт. В Архиве Астраханского УФСБ, в деле по обвинению части астраханских обновленческих священнослужителей, приводятся интересные подробности о закрытии Ильинской церкви. Так, обновленческий благочинный, протоиерей Василий Абрамов заявил во время следствия, что, «если бы священник Орлов (тоже обновленец) уплатил налог за храм, вероятно, храм и не был бы закрыт. Отец Орлов самостоятельно работал по церковному ведомству в Ильинском храме вместе с Евгенией Александровной, фамилии не помню, и приходно-расходные книги не вёл, и, когда архиерей Александр Шубин (обновленческий) потребовал от него денег, он сказал, что принесет их 27/03 (1933 г.), и не принёс; я полагаю, что деньги остались у о. Орлова в кармане и он действительно не уплатил ни копейки за храм, что и повлекло его закрытие». После своего закрытия Ильинская церковь в 1936 году была продана консервзаводу под склад готовой продукции. В годы Великой Отечественной войны на площади перед храмом стояла противозенитная артиллерия. 25 октября 1946 года по просьбе армянской религиозной общины, так как все армянские храмы в г. Астрахани были уже разрушены, ей было передано здание бывшей православной Ильинской церкви. В 1956 году этот храм был у них отобран, а в 1960 году, в самый разгар хрущёвских гонений на религию, был снесён. Сейчас на месте Ильинской церкви стоит невзрачное здание типовой хрущёвской пятиэтажки.