В существовании в Астрахани церкви в честь Михаила Архангела известно ещё с середины ХVII века. В расспросных листах 1672 года по делу убиения астраханского митрополита Иосифа указан и «деревянного подола поп церкви Михаила Архангела». Церковь эта располагалась в Земляном городе в одной из стрелецких слобод, тянувшейся вдоль южной стены Белого города. Эта слобода, называвшаяся Змиева, по имени стрелецкого полковника, была самой восточной из них и примыкала к самой стене Земляного города, где имелись даже ворота – Архангельские. Рядом со Змиевой слободой уже в конце ХVII века стали селиться армяне, для которых был построен особый гостиный каменный двор. После стрелецкого «свадебного» бунта 1705 – 1706 годов большинство дворов Змиевой слободы запустело. На их месте стали расселяться армяне и вскоре заняли её полностью. О деревянной Михаило-Архангельской церкви на этом месте с начала ХVIII века больше нигде не упоминается. Дальнейшая её история была связана с Ямгурчеевой слободой. Названа она была так по имени последнего астраханского хана Ямгурчея, якобы имевшего на этом месте своё становище, или по имени какого-то влиятельного ногайского мурзы.
Появление русской слободы за рекой Кутум на месте его излучины, относится к началу ХVIII века. В это время полковником Михаилом Лебедевым здесь был выстроен полковой госпиталь, и в нём была устроена деревянная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте». В 1727 году эта церковь сгорела. К середине века Ямгурчеева слобода становится довольно многолюдной. Кроме полкового госпиталя, здесь были устроены казармы, где были размещёны солдаты стоящего здесь Кавказского линейного батальона, а позже казачий полк. Ямгурчеева слобода превратилась в солдатскую слободу, но, кроме солдат, здесь уже имелось значительное посадское население, занимающееся различными ремёслами. Жители слободы стали поговаривать об обустройстве здесь собственной церкви. Тогда-то они и обратили внимание на старую Воскресенскую церковь.
Воскресенская церковь была построена в Казанской стрелецкой слободе ещё в середине ХVII века. Первые упоминания о ней восходят к 1672 году. Вероятнее всего, Казанская слобода появляется в Астрахани намного раньше, при расселении стрельцов в Земляном городе. После известного восстания Стеньки Разина сюда был направлен на поселение солдатский тысячный полк. В конце ХVII века была значительно увеличена в Астрахани численность солдат, которых продолжали селить в Казанской слободе, а позже начали обустраиваться и новые солдатские слободы. В 1697 году в Казанской слободе уже упоминается церковь в честь Покрова Богородицы, но, скорее всего, она была не приходской, а приписной или придельной. Это видно из того, что в 1747 году Воскресенская церковь, что в Казанской солдатской слободе, имела придел в честь Покрова Богородицы. В «Ключаревской летописи» (Астрахань, 1887 год, с. 44) приводится рассказ о том, что бывший в Астрахани в 1722 году губернатор Артемий Петрович Волынский, ожидая приезда Государя императора Петра I, велел все деревянные, находящиеся в кремле дома снести, а церкви деревянные перенести в другое место. Тогда же была перенесена из кремля и Воскресенская церковь, на место, где позже образовался «армянский базар», и переименована в честь Казанской иконы Божией Матери, почему и слобода та стала называться Казанскою. В этом рассказе есть несомненная доля истины, так как кремлёвская Воскресенская церковь могла быть перенесена на место прежде стоявшей здесь местной Воскресенской, которая могла к тому времени и сгореть, по причине частых в Астрахани пожаров. Но о переименовании Воскресенской церкви в Казанскую, скорее всего, здесь неверное указание, так как слобода могла быть названа Казанской в честь какого-либо присланного из Казани стрелецкого или солдатского полка.
После распланировки города в 1747 году Воскресенская церковь, из-за очень малого числа прихожан при ней, была предназначена к слому. Тогда жители Ямгурчеевой слободы стали просить астраханского епископа Илариона разрешить перенести к себе в слободу за свой счёт эту упразднённую Воскресенскую церковь с приделом, иконо-стасом и всей церковной утварью. 30 декабря 1748 года епископ Иларион своей резолюцией разрешил перенести храм. Церковь после переноса по желанию прихожан была переименована в честь Архистратига Божия Михаила, а придел – в честь Мучеников Флора и Лавра.
Новое название храма в честь Архангела Божия Михаила было не случайным: Архистратиг воинств небесных издавна почитался покровителем земного православного воинства. Придел же в честь Мучеников Флора и Лавра, считавшимися покровителями лошадей, тоже, несомненно, был назван так из-за давнего занятия местных жителей коневодством. Ещё в прошлом веке сохранялся благочестивый обычай – в день памяти мучеников Флора и Лавра, 18 августа, приводить лошадей к храму, где служился молебен, и окроплять их святою водою.
В 1766 году астраханский купец Степан Григорьевич Шарыпин испросил у астраханского епископа Мефодия благословение на построение нового каменного храма.
Храм он строил на свои собственные средства и закончил в том же году. Храм был тёплый, однопрестольный, с каменною двухъярусною колокольней в одной связи. В 1772 году тот же купец просил у епископа Мефодия разрешения вместо прежней деревянной церкви Михаила Архангела с приделом Мучеников Флора и Лавра, по причине их ветхости, построить на их месте новый деревянный храм. 14 июля 1772 года купцу Шарыгину была вручена храмоздательная грамота. В этом же году храм был построен и освящён в честь Первомученика архидьякона Стефана, с приделом тех же святых Флора и Лавра. Этот усердный храмоздатель Степан Григорьевич Шарыпин был похоронен в ограде храма Михаила Архангела вместе с женою и сыном. И на их могилах были установлены три особых каменных памятника.
Приписная церковь в честь Первомученика архидьякона Стефана просуществовала до 1828 года, когда она была продана жителям села Селитренное Енотаевского уезда вместе со всею церковною утварью. Вместо этого храма на деньги, собранные от его продажи и от жертвователей, были устроены в трапезе Михаило-Архангельской церкви два придела. Северный придел в честь Мучеников Флора и Лавра был освящён 24 декабря 1824 года благочинным протоиереем Георгием Чудновским, а южный – 26 мая 1836 года Спасским архимадритом Аполлинарием. В 1905 году средняя часть храма была расширена новою каменною пристройкою, а придельные алтари были вынесены из трапезы и устроены вновь параллельно центральному алтарю. Оба придела освящёны в 1906 году. Все работы были произведены на средства жертвователей.
Внешний и внутренний вид храма
Михаило-Архангельская церковь была одной из многочисленных представительниц «барочной» архитектуры г. Астрахани. Но и она отличалась определённым своеобразием, выделявшим её среди других барочных городских храмов. Это своеобразие ей придавал купол, высящийся на массивном четверике «храма», в виде сжатого, с широко загибающимися краями «колокола». Купол венчался массивным «фонарём», завершающимся «яблоком» и крестом. Как и сам «храм», так и двухъярусная колокольня были украшены колоннами и другими деталями незамысловатого декора. Трапеза храма была фактически без украшений, покрытая сверху простой двухскатною крышей.
Храм был расписан священными изображениями в 1836 году. В 1905 году были расписаны новоустроенные стены храма, а старая роспись обновлена. Главный иконостас был изготовлен известным мастером Фёдором Коновичем Моисеевым в 1901 году, трёхъярусный, изящной резной работы, вызолоченный на полимент. Иконостасы придельных алтарей, также вызолоченных на полимент, были установлены в 1905 году. Этот храм был единственным в Астрахани, в котором имелись скульптурные изображения святых.
В 1923 году Михаило-Архангельский храм был захвачен обновленцами. В 1936 году он был закрыт и в том же году взорван.