Обитель была основана при храме в честь Рождества Пресвятой Богородицы в 1995 г. Сам храм был построен в 1796 г. на деньги вдовствующей генерал-майорши Анны Васильевны Поздняковой. Архитектура его представляет собой образец ампирного стиля. Храм двухпрестольный, главный придел освящен в честь Рождества Пресвятой Богородицы, второй -- в честь святых бессребреников и чудотворцев Космы и Дамиана Римских.

После революции 1917 г. храм оставался действующим до 1938 г., когда по сфабрикованному делу были арестованы и расстреляны его настоятель архимандрит Евфросин (Фомин) и председатель церковного совета Андрей Анохин, а староста Елена Кондратьева приговорена к 10 годам лагерей. С закрытием храма все его имущество было изъято, а имевшийся рядом фруктовый сад вырублен. В период фашистской оккупации немцы в церковном здании содержали скот.

В 50-е гг. XX в. храм был открыт. Восстанавливал его священник Андрей Павликов, полковник в отставке, участник Великой Отечественной войны, удостоенный многих наград. Отец Андрей прослужил в храме 17 лет. Он имел особое попечение о монашествующих, поселившихся в ближайших селах из закрытых монастырей. Первоначально богослужения совершались в маленьком приделе в честь бессребреников Космы и Дамиана, а потом был восстановлен и главный придел.

28 февраля 1972 г. настоятелем храма был назначен иеромонах Аркадий (Афонин), постриженик Троице-Сергиевой Лавры, который служил в нем с перерывом с 1 апреля 1974 г. по 1 сентября 1975 г. до 25 марта 1991 г., когда Священным Синодом был назначен епископом Южно-Сахалинским.

По благословению епископа Калужского и Боровского Доната (Щеголева) отец Аркадий начал создавать женскую монашескую общину. Он построил при храме дом, в котором разместились келии сестер. В созданную монашескую общину он пригласил опытных монахинь, принявших постриг еще в старых монастырях. В общине поселились: монахиня Анастасия (Кузьмина), схимонахиня Марфа, постриженица Оптинского иеромонаха Мелетия (Бармина), схимонахиня Тихона, монахиня Дорофея, монахиня Никодима, монахиня Агния, монахиня Ксения, слепая монахиня Иулия, бывшая несколько лет в лагерях и другие. В общину пришли и молодые сестры, 3 из которых приняли монашеский постриг, а 4 -- иноческий.

С открытием новых монастырей и из-за преклонного возраста сестер в общине к началу 90-х гг. осталось только 4 насельницы, и 4 апреля 1993 г. по благословению архиепископа Климента для укрепления монашеской общины в Барятино были направлены несколько насельниц Свято-Никольского Черноостровского монастыря. Старшей сестрой была назначена монахиня Феофила (Лепешинская). Община стала развиваться: были построены новые корпуса, увеличилось число насельниц. 26 декабря 1995 г. решением Священного Синода Русской Православной Церкви монашеская община была преобразована в женский монастырь -- Богородицерождественскую девичью пустынь, и монахиня Феофила была назначена настоятельницей.