Третий приписной храм был построен в 1907 году известным астраханским благотворителем – купцом Иваном Ивановичем Губиным как семейная усыпальница купцов Губиных. В 1907 году здесь был погребён его брат – Александр Иванович Губин. В связи с построением этого храма бытует интересное предание. Оно повествует, что Александр Иванович Губин в дни своей молодости пострадал от казаков, побивших его нагайками со свинцовыми наконечниками, отчего голова его тряслась. В один из приездов в Астрахань святого праведного отца Иоанна Кронштадтского (в начале XX столетия) Александр Иванович подошёл к нему за духовной помощью и утешением. «На твоем теле будет храм», – произнес отец Иоанн, благословляя добродетельного купца. И так действительно свершилось. Вскоре после смерти своего брата под сводом новопостроенного храма в специально устроенном под алтарём склепе почил сном праведника и сам его устроитель – Иван Иванович Губин.
Назван был храм в честь небесного покровителя Ивана Ивановича, родившегося в день Усекновения Честной Главы Иоанна Предтечи. 29 августа 1907 года храм был освящён ректором астраханской духовной семинарии архимандритом Иоанном (Левицким). Построен он был каменный, однопрестольный, небольшой, без колокольни. Богослужения в храме совершались только летом, так как он не отапливался, и только по особому заказу купцов Губиных.
После революции 1917 года Иоанно-Предтеченский храм использовался очень редко и стоял почти всегда закрытым. В 1923 году он вместе ещё с двумя кладбищенскими храмами – Духосошественским и Николы Черниговского оказался под юрисдикцией обновленцев. В 1931 году после сноса всех остальных кладбищенских церквей при Иоанно-Предтеченском храме обосновался особый причт из обновленческого духовенства. После закрытия в 1934 году Введенского храма, храм на кладбище оказался последним из оставшихся у обновленцев храмов. После закрытия летом 1941 года Покровской церкви Иоанно-Предтеченский кладбищенский храм перешёл к православной общине. По свидетельству А.И. Кузнецова, вокруг этого храма-часовни за отсутствием священника собирались верующие для чтения и пения молитв. Позже при храме появился свой причт во главе со священником Павлом Нечаевым. После открытия весной 1942 года Покровской церкви этот причт перешёл в этот храм, а Иоанно-Предтеченский по решению местных властей был опечатан.
Прибывший в Астрахань в декабре 1943 года Астраханский архиепископ Филипп (Ставицкий) стал деятельно добиваться возвращения епархии кладбищенской Иоанно-Предтеченской церкви и открытия её для богослужений. Астраханский облисполком и местный уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви в феврале 1946 года поддержали ходатайство владыки и верующих Микояновского района г. Астрахани об открытии церкви на городском кладбище. Сначала Совет по делам Русской Православной Церкви своим постановлением от 1 апреля 1946 года воздержался от дачи разрешения на открытие храма, но 4 мая 1946 года он всё же изменил своё решение и посчитал возможным договориться местному уполномоченному с архиепископом Филиппом о передаче церкви-часовни ближайшей приходской общине верующих, используя её как кладбищенскую для служения панихид и погребений, но, не образуя при ней самостоятельного прихода. В результате чего эта церковь-часовня была передана общине Покровского собора, и в ней соборным духовенством стало регулярно совершаться богослужение. На этом архиепископ Филипп не остановился и стал добиваться разрешения на расширение церкви-часовни и открытия при ней самостоятельного прихода. 14 июня 1946 года местный уполномоченный Кулемин дал разрешение на пристройку к церкви-часовне дополнительной площади. Но исполком Астраханского горсовета 25 сентября 1946 года на ходатайство архиепископа Филиппа о разрешении осуществления проектируемой пристройки ответил отказом, обосновав его рядом важных (по их мнению) причин. Тогда архиепископ Филипп на свой страх и риск дал указание на начало строительных работ. В июле 1946 года, опять-таки с согласия Кулемина, настоятель Покровского собора архимандрит Ермоген (Голубев) организовал при кладбищенской церкви временный церковный совет, который по решению местных властей также получил статус незаконного. С этого времени Иоанно-Предтеченская церковь получила собственный штат священнослужителей, увеличилось посещёние её верующими, что очень обеспокоило местные власти. Тем временем строительные работы к концу 1947 года были закончены: к западной части церкви-часовни была пристроена деревянная трапеза, что значительно увеличило объём храма, а также над притвором была устроена деревянная звонница с куполом и крестом.
На месте пристроя находились многочисленные могилы, а так как другого свободного места рядом с храмом не было, то архиепископом Филиппом было принято мудрое решение: имена всех оказавшихся погребёнными под храмом были записаны в церковный синодик на «вечный помин», а также выбиты на особой доске, поставленной в притворе, чтобы каждый входивший мог помолиться об упокоении их души.
Конфликтная же ситуация, связанная с самовольными строительными работами, и незаконным, то есть не зарегистрированным церковным советом при кладбищенском храме, не разрешалась. Архиепископ Филипп указывал, что церковная община действует с июля 1946 года, и, хотя юридически не оформлена, уже является самостоятельным приходом. В отношении строительных работ местные власти были просто поставлены перед фактом. Приезд в 1949 году в Астрахань Святейшего Патриарха Московского Алексия І разрядил ситуацию. В связи с его приездом местные власти во избежание скандала пошли на уступки и зарегистрировали кладбищенскую церковную общину.
В 1958 – 1959 годах к Иоанно-Предтеченской церкви с северной стороны был пристроен придел в честь Священномученика Иосифа митрополита Астраханского.
Строительные работы велись под руководством настоятеля храма протоиерея Павла Нечаева, по благословению астраханского епископа Сергия Ларина. По преданию перед началом строительства отцу Павлу во сне явился священномученик Иосиф и благословил его освятить придел в честь своего имени. После явления по благословению о. Павла в храме была написана икона Священномученика Иосифа в полный рост, таким, как он явился священнику, и поставлена с левой стороны от главного алтаря.
В связи со строительством придела как на епископа, так и на настоятеля, в советской печати была устроена настоящая травля. Это было в первую очередь связано с именем Священномученика Иосифа, выглядевшего в глазах советских идеологов ярым монархистом и противником мятежного Степана Разина, которого советская пропаганда всячески превозносила, делая из этого разбойника «народного героя». Несмотря на то, что священномученик Иосиф был официально канонизирован Русской Православной Церковью в 1918 году, советские власти оказывали давление на церковь, стремясь искоренить почитание этого святого. Поэтому устройство придела в кладбищенском храме в честь Священномученика Иосифа было для них как гром среди ясного неба. Но травля прессы и давление местных органов не привели ни к каким результатам, как не получалось у местных властей закрыть храм в самый разгар хрущёвских гонений на церковь в начале 60-х годов.
Сейчас старое кладбище уже не функционирует, и здесь никого не хоронят, но в кладбищенскую церковь, по старой привычке, по-прежнему везут отпевать людей.
Храм как с внешней, так и с внутренней сторон весьма прост. Очень изящно смотрится та его часть, что некогда представляла церковь-усыпальницу купцов Губиных. Она построена в форме ротонды с богато декорированным фасадом.
Из святынь храма можно особо отметить часть власяницы Священномученика Иосифа, бережно хранящейся в алтаре храма. По желанию верующих её выносят и полагают на их головы. В алтаре храма хранится также и старинной работы металлический крест-мощевик, внутри которого вложен деревянный крест с частицами мощей многих святых.
Необходимо упомянуть и о некоторых могилах, находящихся на старом русском кладбище, пользующихся особым почитанием верующих астраханцев или просто достойные упоминания.
В первую очередь, это могила старца Иоакима, почитающегося верующими за месточтимого угодника Божия. На его могилку часто приходят за помощью в различных бедах и берут песочек с неё, который по вере помогает от различных болезней. Могила эта находится к западу от церкви, по левую сторону от центральной дорожки (если идти от храма).
За алтарём храма находится могила схиархимандрита Алексия (Ковшикова), более известного астраханцам как отец Артемий. Он был келейником архиепископа Филиппа, а позже духовником епархии. Многие верующие почитают его за прозорливость и за святость жизни.
К югу от храма, ближе к реке Кутум, ничем уже не отмеченная, находится могила Астраханского архиепископа Палладия (Добронравова). После слома церкви Николы Святоши его останки из склепа под храмом были перенесены и положены в могилу его преданного келейника монаха Митрофана, который и после кончины своего владыки не оставил его и поселился рядом в одном из склепов. Сейчас о месте, где похоронен архиепископ Палладий и его келейник, знают немногие из астраханцев.
К северу от храма среди многочисленных могил находится могила епископа Иоанникия (Попова), бывшего некогда викарием Саратовской епархии, немало претерпевшего в застенках ГПУ и скончавшегося в Астрахани 1 февраля 1942 года. Рядом с ним похоронена его келейница – монахиня Парфения. Об этих захоронениях знают тоже очень немногие.
Чуть левее от могилы епископа Иоанникия, почти рядом с центральной северной дорожкой, идущей от храма прямо на север, располагаются могилы монахинь Благовещёнского монастыря во главе с последней его игуменией Платонидою (Пасмурновой). Многие из этих монахинь прославились благочестивой жизнью, побывали в ссылках и лагерях и достойны почитания.
С другой стороны от этой дорожки, дальше к западу, находится общая братская могила расстрелянных в марте 1919 года большевиками за участие в восстании. Большинство из них были невиновными жертвами. По преданию, здесь были похоронены и расстрелянные 6 июля 1919 года Астраханский архиепископ Митрофан (Краснопольский) и его викарий епископ Леонтий (фон Вимпфен). На месте этой братской могилы в июне 1991 года был поставлен памятный крест с именами всех погребённых здесь (или только известных).
Возле храма, с северной его стороны, находится могила протоиерея Павла Нечаева, долгое время бывшего настоятелем этого храма и много потрудившегося над его благоустройством.
